對於捷運公司爆發集體貪瀆，台北市長馬英九震怒，漏夜召集幕僚會商，一早還找來捷運公司董事長報告；目前市府法規會認定，捷運公司高層應該沒有涉入貪瀆，但馬英九也宣示，一定會嚴辦到底。
台北市長馬英九一早就要捷運公司董事長總經理到交通會報報告，強調捷運貪瀆絕對會嚴辦到底。馬英九不願觸及捷運公司高層懲處問題，捷運公司總經理蔡輝昇自己則說，案情還未釐清，他還沒自請處分，不過對涉案的127位基層員工已先進行行政懲處。
台北市長馬英九：「我們會等到政風處法規會，把全案調查清楚之後，我們再決定在其他方面需不需要做任何處置，我們基本的態度是主動發覺，明快處置主動公佈配合偵辦。」
蔡輝昇否認，涉案人員擴及捷運員工親友，未來將會要求執行每天重覆稽查，及修改資料者須簽名等防弊措施。
雖然台北市政府擁有捷運公司官股比率超過七成，但因為捷運公司屬公司組織，高層及基層員工涉案刑責如何判定，市政府法規會目前有初步解釋。
捷運公司總經理蔡輝昇：「我們一發現有這個情形，馬上採取行動處分，然後對這些涉案同仁給予降級的處分，考績就降等，然後也給他行動的處分，同時也催討未繳的車資。」
依照現行法規，只有市府指派的捷運公司副總經理以上層級，視為公務人員，一旦追查有涉案事實，將依貪污治罪條例，處以五年以上有期徒刑，最重可處無期徒刑；而127基層員工，不列屬公務體系，最多依刑法339條之一，處以一年以上有期徒刑或易科罰金。
市府法規會主委陳清秀：「根據公營大眾捷運有限公司設置管理條例的規定，副總經理以上，要適用公務人員規定，副總經理以下的是不適用公務人員規定。」
目前市府初步認為，涉案人員應不涉及高層，但確切懲處結果，還有待調查小組進一步調查。
