指揮中心宣布居家隔離的天數要縮短為3+4，遭到醫界不少感染科專家質疑，引發討論，像是振興醫院感染科主任李明政就在新規定宣布前表示，如果一下子縮短太多居隔天數，可能會造成民眾恐慌，而林口長庚醫院副院長邱政洵也說，聽到變成3+4確實有點嚇到，如果考量到病毒潛伏期，縮短為4+3天會比較好，而前台大感染科醫師林氏璧指出，雖然大多數國家以居隔5天為標準，但還是以開會專家討論的為主。
醫界不少感染科專家都認為衝太快，像是振興醫院感染科主任李明政，在消息出來前就有表示，應該要先鬆綁到7天觀察一個月後再放寬，但就有參加者會議的不具名專家表示，25日開會時，對於地方政府提出的縮短隔離天數有疑慮，討論到最後甚至是無法思考，而同樣也參加會議的黃立民醫師認為，現行規定可以施行一段時間。
台大小兒感染科醫師黃立民：「不要做PCR的理由是不希望再去跟(確診)這些人接觸了，所以大部分的專家認為，做快篩就可以了。」
甚至其他消息指出會議上，地方政府提出的是乾脆不再隔離，才讓居隔天數討論很久，另外林口長庚醫院副院長邱政洵也表示，聽到要變成3+4有點嚇到，因為如果考量病毒潛伏期隔離7天比較妥當，真要縮短4+3會更好，只是第4及第7天一定要採檢，還有前台大感染科醫師林氏璧分析，原先規定確診者隔離，考慮的是傳播時間，但居隔者從接觸到染疫，在Omicron傳染力變快之後，潛伏期平均數落在3天。
前台大感染科醫師林氏璧：「我們現在已經不是以清零為目標，所以可以漏掉一些，大概7到8成的人，都會在5天密切接觸後就發病。」
林氏璧也以紐西蘭為例，家庭密切接觸者隔離7天，一般接觸者則不需要隔離，美國是居家5天但也有附加條件，新加坡相對有彈性，採取5天自我監測每天快篩陰性就能出門，但這3天怎麼來的，指揮中心以日本為例，指出日本的潛伏期中位數是2.9天，新政策都有依據。
疫情指揮中心指揮官陳時中：「日本做的資料是說，如果在接觸後的第一天，做相關檢驗，大概只能驗出8.55%，第二天30%，第三天驗到53%。」
陳時中表示3天就能排除很大一部分的確診者，只是新制上路後，還是要觀察染疫數是不是呈現指數型竄升，也避免中重症反而造成醫院負擔。
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