總統大選開票當天，高雄市長陳菊就透過新聞稿，希望新政府上台後，能啟動部會及國營企業總部南遷，而且在隔天的謝票演說，再提到要重視南北均衡，被外界解讀是向接任的蔡英文總統喊話，雖然陳菊表示不管要設什麼單位，重點是中央跟地方的溝通能順利。
高雄市長陳菊(105.01.17)：「高雄新的時代就是一個未來，發展南北平衡的時代。」
民進黨贏得大選，高雄市長陳菊隔天謝票，不忘喊出要新政府重視南北均衡發展。
高雄市長陳菊(105.01.17)：「地方立委在不同委員會，高雄市政府的團隊會持續跟他們溝通協調。」
事實上在勝選當晚，市府就發了新聞稿，期待啟動部會及國營企業總部的南遷。
TVBS記者何宜信：「雖然中油後勁廠已經遷移，但中油在高雄還有許多廠區，加上有許多民營石化業者，因此被點名總部最急需南遷。」
目前包括中油在內共有13家石化業者在高雄設廠，年產值9千多億佔全國1/3，但只有3家總部在高雄，如果全部南遷每年至少多25億稅收。
高雄市民：「稅收都回饋到台北市民身上，那我們當然覺得不公平呀，我們承受重工業的汙染然後爽都爽在台北。」
TVBS記者何宜信：「另外漁業署本部雖然還設在高雄，不過需要跨部會協調以及政策面單位都已經遷回北部，因此這次新政府上台，漁業署、勞動部以及環保署再次被點名需要南遷。」
以漁業署來說，89年8月先成立南部辦公室、96年10月南遷高雄，但97年6月後受到漁會及漁業團體反映，又將部份業務遷回北部，但陳菊日前在議會接受質詢時，考量到高雄市勞動人口比例高及污染問題嚴重，因此點名希望相關部會南遷。
高雄市長陳菊(105.01.17)：「跟中央跟地方要面臨共同的議題能夠非常順利溝通。」
擔心給接任的蔡總統太大壓力，陳菊也事後打圓場，表示得再跟新政府溝通討論，但開票後連續兩天的談話，已經展現出綠營完全執政將迫切改變的政治現狀。
