台北市長馬英九晚上九點15分抵達總統府前，向群眾表示，建議修改選罷法，建立行政驗票的機制，同時要求行政院回應連戰的訴求，行政院方面隨即舉行記者會，發言人林佳龍強調，行政院不能干預司法驗票，刑警局和奇美醫院的專業也不容踐踏。
台北市長馬英九晚上九點15分登上宣傳車。群眾︰「市長加油！」
濛濛細雨當中，安全人員遞上盾牌，馬英九妥善收好，這樣的舉動，立刻引來不滿。支持群眾︰「盾牌收起來，盾牌收起來，侮辱我們大家。」
平息現場的鼓譟，馬英九呼應連戰的訴求，要求成立彈道醫療小組，重新驗票，同時建議修改選罷法。台北市長馬英九︰「當選票的差距在1%或者是30票，這個時候候選人就可以繳納一定的保證金之後，提出驗票需求，將來如果能夠修改選舉罷免法，建議行政驗票，它的立即性會大大的提高。」
行政院發言人林佳龍隨即召開記者會，強調行政院不能干預司法驗票，成立醫療彈道小組也不合法定程序。行政院發言人林佳龍︰「假設今天因為萬人上街頭，我們行政院就可以凌駕司法院，凌駕法院，直接去進行行政裁奪，這是很嚴重的事情，我想任何法治的國家都必需依法行政。」
林佳龍說，刑事警察局和奇美醫院的專業，更不容質疑，反過來要求馬英九盡速撤離群眾。行政院發言人林佳龍︰「政治人物，負責任的領袖都不能夠只是一昧的，去鼓動群眾上街抗議，不過卻置群眾於不顧，沒有把群眾平安的送回家。」
針對連戰的訴求，林佳龍再三強調，無論立即驗票或是成立醫療彈道小組，通通不合法律程序。
