馬蕭520就職當天，就要帶著外賓搭乘高鐵，南下高雄參加國宴。根據TVBS掌握的消息，馬蕭兩個人基於維安考量，將分別帶著2批外賓，搭乘兩班高鐵南下，避免讓正副總統同車；但開放式的高鐵，元首安全該怎麼維護，跟一般旅客又該怎麼區隔，對高鐵和國安單位又是一大考驗。
和扁呂兩人常常連袂出席，共乘同一班交通工具不一樣，520正式成為正副元首的馬英九和蕭萬長，就職當天起，就要堅守分開搭乘交通工具的國安慣例。
馬蕭兩人，520當天下午要南下出席國宴時，將分別搭乘兩班不同班次的高鐵列車，搭車時，向來提倡儉樸的馬蕭，會將列車中的商務艙讓給外賓坐，而他自己則坐在隔壁的標準車廂。
就是為了要幫國庫省下更多的錢，馬英九就是不願意包下整輛高鐵列車，但元首安全不能兒戲，如果馬蕭搭乘的2班高鐵一般民眾也能搭乘，安全又該怎麼維護。
TVBS記者徐沛緹：「一張高鐵車票，就可以進入月台，不過這也可能成為520當天，馬蕭兩人搭乘高鐵安全上的隱憂。」
不像國家元首出現的場合會有安檢門，現在搭乘高鐵不必經過任何安檢，如果有心人士帶著危險物品上車該怎麼把關，是否要對這兩班次的旅客實施安檢，國安單位和高鐵公司也都還在研究。
台灣高鐵也透露，他們會配合國安單位的要求，班車是否會開放對外售票也還要考量；因為安全顧慮讓正副元首分開搭車，其他的安全細節也不該馬虎。
