備受爭議的教改問題，也是今天(14日)藍綠候選人辯論的焦點！連戰不斷批評政府的教改政策太草率，讓學子過得很不快樂，陳總統則多次為推動教改的前中研院院長李遠哲說話，他說，教改政策都是在連戰擔任行政院長任內定案的，總統強調，教改也許做的不夠好，但絕對不允許再走回頭路！
國親總統候選人連戰：「今天我們的教改政策是一個失敗，而這個原因主要是我們今天的政府沒有非常完整的配套，同時很躁進，而推動很多很高的理念。」
連戰談教改，說的這番話，讓陳總統很不以為然。民進黨總統候選人陳水扁：「十年教改我們延續過去政府的政策目標，包括連先生在擔任行政院長的期間針對有關教改的重大方向都已經做了決定，當然在這三四年來我們執行的結果，有一些應該要檢討的地方，但是不能把它泛政治化，把責任都推給我們中央研究院李院長。」
連戰還直指民進黨的教改政策錯誤，陳總統立刻嚴詞駁斥。國親總統候選人連戰：「老師到退休的年齡，但是因為經費的問題不能夠退，因為要進的人不能進，要退的人不能退，這樣的教育，國家是一潭死水。」
民進黨總統候選人陳水扁：「連先生不要再把責任推給李院長，但是要放棄九年一貫其實就是放棄連先生主政時候的一個主張和教改政策，我們認為教改政策可以檢討，但是不應該走回頭路。」
談教改，陳總統挺身維護前中研院院長李遠哲，不過陳總統也說，教改的確應該再努力。民進黨總統候選人陳水扁：「在這3、4年我們增設的幅度並不是很大，最主要大學的增設是在舊政府時代，包括連先生擔任行政院長的時代，這是一個事實，但是我們希望說未來每一個縣市都有一個大學。」
扁連辯論談教改，改革目前紛亂的學制，是兩人異中求同的共識。
