民進黨敗選，行政院長謝長廷雖然口頭請辭，獲得慰留，但是檢討謝長廷的聲浪卻沒停過。黨內立委質疑，就是因為選舉三合一，讓國民黨容易綁樁，民進黨才會敗選，而當時做這個決定的就是謝長廷。
敗選檢討的矛頭，民進黨中南部立委有志一同，指向三合一選舉。
民進黨立委(嘉義縣)蔡啟芳：「買票嘛，縣長候選人沒買，鄉鎮長議員候選人替他買不是一樣，這就是三合一的『好處』嘛。」
民進黨立委(屏東縣)林育生：「決定三合一這個政策，推動這樣政策的人要反省要檢討，這些縣長候選人其實是給他們害死的。」
林育生這句話雖然沒有點名。但當初獨排眾議強烈主張三合一的就是行政院長謝長廷。現在黨內同志把批判的火力對準了他，謝長廷沒有迴避。
行政院長謝長廷：「現在也有人講這個三合一是敗選的關鍵，那這個三合一是行政院推動的，這個我也願意承擔這個責任。」
謝長廷是在今年三月份，以節省社會成本為由，極力主張三合一選舉。只是當時黨內事前都不知情，還因此引發蘇、謝兩人隔空交戰，就連子弟兵都加入戰局。
民進黨主席蘇貞昌(94.3.31)：「21個縣市有16縣是不贊成，我們本來有黨政協調機制，不過(謝院長)這個宣布我事先不知道。」
行政院長謝長廷(94.3.30)：「三個選舉把他合成一個，我認為可以提前，但是要及早宣布。」
民進黨立委吳秉睿(94.3.31)：「我用人格保證，我真的聽過(滅蘇條款)，目的就是要修理蘇貞昌。」
行政院秘書長卓榮泰(94.3.31)：「不必、不可也不要再引發不必要的陰謀論。」
如今民進黨敗選，蘇貞昌瀟灑下台，從高捷案到三合一選舉，黨內同志把矛頭不斷指向謝長廷。
