陳前總統被收押當天，透過律師發表不提抗告的聲明，儘管陳水扁沒有抗告意願，但趕在裁定後5天期限的最後一天，律師鄭文龍遞出抗告狀，表示羈押陳水扁有押人取供之嫌，而且造成社會對立，另外辦案程序也有相當多的瑕疵，基於律師職權，他一定要提出抗告。
趕在5天期限的最後一天，律師鄭文龍遞出抗告狀，洋洋灑灑16頁的抗告理由，卻只有律師的簽章。陳水扁委任律師鄭文龍：「他(陳水扁)本人確定沒有提抗告，是由我律師本人基於專業的職責，我代他提抗告，程序上會被法院駁回，風險非常大。」
不同意，是認為司法不公，但基於維護當事人的權利，律師還是提出抗告，理由和陳水扁的聲明不謀而合，不外乎是收押陳水扁等於押人取供，造成社會對立，更批評辦案程序有瑕疵。鄭文龍：「將近20小時的偵訊過程，對被告、對法官、對律師、對檢察官，都是一個很大的考驗，我認為程序上就違法不當，涉及違憲的部分。」
三大理由提抗告，批檢方也酸了法院，替吳淑珍轉述對關心的同時，也不忘替陳水扁抱不平。鄭文龍：「夫人(吳淑珍)有打一通電話給我，但是我不敢接，我接到之後就交給我助理，因為我不想跟夫人有直接的對話，我請助理聽，主要的意思是要交代陳前總統注意身體，要請他吃東西、不要禁食。」
認為未定罪之前就取消陳水扁的維安，違反卸任元首禮遇條例，不排除聲請釋憲，又抗告，又釋憲，多管齊下，是不是等於案子有轉圜餘地，最慢10天，最快1天，答案揭曉。
