內閣改組之際，教育部長傳出，將會由昔日馬團隊的大將，台北市副市長吳清基接任；今天教育部長鄭瑞城出席傑出校長會議，被問到自己的動向，鄭瑞城坦言，他已經在打包了，對吳清基可能接任，鄭瑞城則低調的說「很好」；事實上，當初劉兆玄組閣的時候，對教育部長就很有想法，堅持用自己的理想人選，才捨棄吳清基，任用鄭瑞城，只是撤換教長的決定，是不是也讓馬劉埋下心結？
出席校長會議，教育部長鄭瑞城被問的，還是留不留任的問題。教育部長鄭瑞城：「所有辦公室都已經清理乾淨了，時間到了就...。」
說自己要打包走人，但外傳馬總統強力安插昔日市府團隊的台北市副市長吳清基，接掌教育部，鄭瑞城也有評價。鄭瑞城：「很好。」
有消息指稱，就是因為總統強力安插吳清基，讓劉兆玄不滿，決定請辭。行政院長劉兆玄(97.04.09)：「少一點這種綁手綁腳這些東西，尤其是太多的意識形放在裡面，是不好的。」
劉兆玄對教育部長的任用很有想法，但總統府說，內閣總辭跟這些人事傳言無關，據了解，鄭瑞城會遭到撤換，是因為他對政策辯護的能力不足；只是原本也應邀出席傑出校長頒獎的吳清基，敏感時刻，刻意缺席，就怕沒有正式宣布之前，再度重演跟教長擦身而過的憾事。
