行政院一紙公文發函地方政府，說地方自治條例萊劑零檢出是牴觸中央法規，要求地方檢討修正，引起地方首長不滿，台北市長柯文哲、台中市長盧秀燕等人更直接說，中央源頭管理沒說清楚不會配合修法，但衛福部態度卻似乎很強硬，說萊豬開放後自治條例直接宣布無效。
萊豬爭議立院再戰，國會殿堂內朝野吵成一片，立院外中央地方也開戰，因為行政院函文，指地方自治條例萊劑零檢出牴觸中央法規，要求明年1月1日前檢討修正。
農委會主委陳吉仲：「要做到零檢出在很多世界國家幾乎是不可能的，現在重點是怎麼確保所有食品安全。」
台北市長柯文哲：「中央政府也沒有講說它源頭管理怎麼做，標示要怎麼做，所以特別在這種資訊不透明不對稱狀態下，台北市政府是不會自己去修法。」
本來沒安排受訪，柯文哲特別停下腳步拿出手稿，顯然有備而來，至於藍營縣市首長更是一片罵聲。
台中市長盧秀燕：「我們非常不認同也不會同意，所以結論是我們不會主動的送案到市議會。」
新北市長侯友宜：「目前都是堅持瘦肉精零檢出。」
因為現在包含台北、台中、宜蘭、桃園等縣市都要求0檢出，至於新北、高雄等則沒相關規定，這會期醞釀提案修法，只是相較而言，綠營百里侯立場似乎更顯尷尬。
基隆市長林右昌：「只要有心，我們都一定可以把它管制的很好。」
衛福部則直言萊豬開放後，因為地方法規不能牴觸，自治條例直接宣布無效，不管地方怎麼反對，中央態度似乎很強硬。
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