台灣開放第一劑打AZ，第二劑可以混打BNT，加拿大研究就顯示，混打預防感染後住院的保護力，比起打兩劑AZ是比較高的，但副作用方面，混打會比較明顯，像是發燒的機率就多了5%，另外像是肌肉痠痛、頭痛等副作用，也都會比較強。
台大兒童醫院院長黃立民：「(混打)比起兩劑AZ的話，就是發燒比例稍微高一點，發燒比例可能增加大概5到10%，不過這個發燒是短暫的，一兩天就會退掉，不過你減少一個血栓的風險。」
黃立民認為，各國混打已成趨勢，更有許多國家在討論，是否要打第三劑，不過台灣目前超過1500萬人，打了第一劑疫苗，但打第二劑的只有591萬多人，接下來第二劑能混打，到底該怎麼選。
林口長庚副院長邱政洵：「如果你是比較高風險的職業別，或者是這個擔心自己的，有一些潛在疾病免疫力比較弱的，那當然是可以做這個混打。」
疫苗混打的副作用，發燒機率比打2劑AZ會多5%，另外發燒冷顫，肌肉痠痛頭痛和虛弱等，副作用也會比較大，醫師也建議第1劑疫苗已經打超過12週的人，不建議繼續花時間等混打。
疫情指揮中心指揮官陳時中：「(混打研究)時間都不夠那麼長，所以你很難去比較，它直接的短期的好處長期的好處，兩劑打一樣的，我認為其實是相對安全性比較高。」
對於是否混打，指揮中心尊重民眾意願，如果一二劑，間隔接種時間還沒滿，的確可以等等看混打；另外瑞典也有發表研究在國際期刊刺胳針，顯示保護力，AZ+AZ50%、AZ+BNT67%、BNT+BNT78%、AZ+莫德納79%、莫德納+莫德納87%。
但也有醫師提醒，目前mRNA疫苗抗體掉得比較快，打完5到8個月，抗體就會有不定程度的下降；反而腺病毒載體疫苗，也就是AZ可以撐比較久，兩劑都打AZ效果不輸混打。
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