日本受到瑪娃颱風加上梅雨鋒面，日本關東、關西地區都降下暴雨，傳出水災及土石流災情，造成多人死傷，大眾交通運輸系統大規模中斷，還有列車因此出軌。開往奈良、和歌山的JR線中斷、往返關西機場的JR電車、南海電鐵暫停營運，有人被迫睡在機場；河水暴漲使堤岸及道路宛如一片汪洋，造成至少1死、2失蹤、8人受傷，東京有近5000戶家庭停電。
截至日本時間3日上午7時，靜岡縣濱松市天龍區過去24小時累積雨量突破500毫米，神奈川縣、愛知縣、三重縣、高知縣靠太平洋側的地區也突破400毫米，更有多地打破降雨量紀錄。
暴雨也在造成各地停電，一度造成交通事故。《每日新聞》引述東京電力電網公司消息指出，昨（2日）晚間10時50分共有8050戶停電，其中東京都內有約4880戶、千葉縣約1250戶、神奈川約660戶停電。
交通系統受到廣泛影響，JR西日本、南海電鐵、近鐵、東海道新幹線、山陽新幹線等昨日都陸續停駛、延遲或減班，高知縣土佐清水市更因大雨、鐵軌上泥沙淤積造成列車出軌，所幸無人受傷。
由於新幹線停駛，不少旅客到關西機場想改搭國內班機前往目的地，一度造成機場內大塞車，還有抵達機場的旅客因鐵路停運受困，接駁車車站排起長長人龍，許多旅客只能無奈夜宿機場，關西機場營運公司也趕緊在3日凌晨提供睡袋、飲用水等，讓旅客躺在長椅或是地板上休息。
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