印尼本土新冠疫情也遭Delta變種入侵，近幾週通報新增確診激增，截至週六（26）已累計超過200萬確診個案，首都雅加達及其他疫情重災區的醫院占床率都已飆破75%。相關人員表示，若是疫情持續延燒，當地醫療體系可能瀕臨崩潰。
中爪哇地區也因發現大量Delta變種病毒個案，導致多個社區被強制執行封鎖措施。根據報導指出，當地突然爆發嚴重疫情，可歸咎於日前齋戒月結束後，大量民眾無視政府禁令，橫跨州市移動的後果。印度醫療協會指出，因為人口大規模流動，現在已經無法追溯Delta病毒的源頭是從哪裡出現。
總統佐科威（Joko Widodo）也表示，印度正面臨「異常情況」，承諾會迅速採取行動以因應疫情爆發。印尼當局已把7月開始的接種疫苗目標，從目前的每日70萬劑，擴增至100萬劑。並將酒吧、學校、宗教場所改為疫苗接種站，接種者不需證明自己所居住的城市或省份即可接種。
自疫情開始以來，印尼已有將近1000名醫事人員染疫病歿。醫學協會在25日證實，其中有401名醫生，且有14人在「完整接種」疫苗後仍然染疫身亡。自6月以來，中爪哇省已通報300多名已接種疫苗的醫護人員染感新冠病毒，其中有12人需住院治療。由於印尼國內極度仰賴陸製科興疫苗，但因接種疫苗後出現重症的病例增加，也引發各界對科興疫苗保護力的質疑。
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