北農疫情爆發到底誰該負責？前一天台北市長柯文哲意有所指，說北農的總經理是中央指派，議員也趁勢幫腔要農委會主委陳吉仲別神隱，不過現在也有公文流出，指6月初中央早就已經說要北農設篩檢站，但當時台北市長柯文哲卻只說以「合理辦理」為原則。
工會代表齊聚，北農群聚事件擴大，他們喊要由農委會指派的，北農總經理翁震炘下台負責，就連柯市長前一天也意有所指。
議員許淑華vs.台北市長柯文哲(6.21)：「(你們到底有沒有把人命當命看市長)，當然是，我跟你講北農總經理是中央派的喔。」
被究責柯市長回酸也有議員點出，北農是總經理制，總經理更是中央農委會派的，要主委陳吉仲出面負責別神隱，但真的是如此嗎？
有公文流出指早在6/4當時指揮中心就下令，雙北果菜批發市場設置篩檢站，進行廣篩和普篩，但當天會北市府與會官員沒有承諾，只說會回報高層裁決隔了兩天柯文哲做出決議，說要以「合理辦理」為原則，結果北農的快篩站就沒下文。
立委林昶佐：「我想這完全是推卸責任說詞，一個多月時間讓疫情本來可以控制，變成一發不可收拾。」
指揮中心副指揮官陳宗彥：「6/5指揮中心就有邀集台北市政府目前表示，是以他們現有來做規劃跟處理。」
北農肩負大台北地區蔬果批發重任，就算有疫情不敢喊停，但中央地方踢皮球，最終恐怕只是苦了基層。
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