連宋對於落選表示無法接受，並且質疑陳總統遭受槍擊，可能是政治陰謀，還說民進黨政府有做票嫌疑，扁呂競選總部決定在政治層面，由總統出面呼籲支持者冷靜，至於在法律層面，強調槍擊案交由專業單位調查原因，同時也尊重連宋循法律途徑解決問題的權力，但也強調，如果有人刻意要製造混亂，那是在傷害台灣的整體利益。
國親一說要提出當選無效之訴，民進黨輔選幹部立刻聚集在總部二樓開會，並且在晚間九點多陳總統到達後，立刻向他報告因應方式，在政治層面，由陳總統親自出面呼籲。
至於在法律層面，國親質疑總統遭槍擊案，背後原因不單純，甚至影響選情，民進黨認為，一切交由專業單位來認定。
而連宋方面還質疑開票作業有瑕疵，扁呂總部表示，以法律程序來解決法律問題，予以尊重。
但或許就是存在這樣的爭議，陳總統確定當選後，沒有接到連宋的祝賀電話，陳總統也沒有打給連宋，他是選擇在群眾面前，當面對連宋表達感謝與肯定。
