針對大學學費的爭議，陳總統在「阿扁總統電子報」中提到，台灣的大學學費比美、日等先進國家低廉。事實上，趁著暑假和學子談教育，原本就是總統府希望與青年達成共鳴的話題之一，所以，總統才會一連三期，在電子報上提到教改與學費的問題。
泛黃的照片，紀錄著年幼時生活貧困的陳總統如何奮發向學，三級貧戶出身他，最懂得沒錢讀書的苦，趁著暑假，陳總統第一次透過阿扁總統電子報與青年聊聊教育問題。
總統說，教育絕對不是為了考試，而分數更不等於學習，這是整個台灣社會觀念與教育定位的問題，呼籲全體國人深思。
一個禮拜後，總統在7月3號的電子報上，二次針對教育議題與民眾對談，也提出了學費問題。總統說，藉由教育提供了社會流通的機會，台灣公立大學學雜費占國民所得的比例與美國、日本的公立大學相當；而私立學校則只有美、日等國的二分之一或四分之一不到，算是相當的低廉。
總統希望點出台灣在推動教育平等上，與先進國家同步，但是提到大學教育學費比提他國家低廉，卻引發外界質疑。
總統立刻透過電子報，三度談起教育問題，總統說最近常有人說「不要讓大學學費變成新的窄門、不要讓貧窮變成世襲」，這樣的講法根本是「倒果為因」。過去只有20％的人能唸大學，如今將近80％的人可以唸大學，是因為有更多的人可以去唸大學，才凸顯出教育經費的問題，學費從來沒有阻礙過社會階層的流動。
總統認為，大學生應該，早一點養成「理財規劃」的觀念，不要只是依賴父母支付學費，也是建立正確教育觀念的一環，只是單向溝通的電子報，來不及讓總統把話說清楚，就被外界批評為總統不了解民間疾苦，而總統與學子談教育的想法，也被曲解。
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