新冠肺炎疫情嚴峻，台灣目前已累計破萬名確診數，死亡個案累計18天更多達187例，疫苗問題也成為當務之急，日本今（4）日贈送台灣124萬劑疫苗，柯文哲對此表示，日本政府不會做出違反日本國民的事，要感謝過去台灣人民對日本在311的幫忙。至於國台辦也搶給台灣疫苗，哪一國比較好？柯文哲則回應「戰況緊急沒心情打口水戰」。
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柯文哲表示，目前疫情相當緊急，在三級管制之下就是撐住，國際有認證的疫苗只要價格不離譜，可以進來就要進來。至於日本會送台灣疫苗，「應該這樣講，日本政府也不會做出違反日本國民的事情」，以前311台灣對日本的捐款是全世界最高，日本還對此做了紀念碑，感謝台灣對日本的協助。
所以這是台灣跟日本關係很好，特別是在民間關係很好，所以今天台灣有困難，日本要做決策，一定是符合日本國民的期望，這一定很多人都有去幫忙，「我想這就是成功不是只有一個人，要感謝過去台灣人民對日本在311的幫忙，日本也在我們最困難的時候給我們幫忙，這就是個好的例子」。
至於疫苗該怎麼分配？柯文哲表示，相信中央有很多防疫專家，現階段疫苗分配恐怕要思考，防止疫情擴散有2個方法，一是公共衛生的手段，二是打疫苗，「判斷整個台灣目前疫情的發展，在這狀況下去思考」，所以疫苗不需要按照總人口平均分配，而是怎麼讓疫苗變成防堵疫情擴散的工具。
針對台南市長黃偉哲呼籲要讓日僑先打疫苗，柯文哲認為「這也沒什麼不應該，畢竟是日本送我們的，日僑有優先權也是合理的」。至於台灣現在靠美國、日本給疫苗，有民眾砲轟乾脆代購就好，而中國大陸國台辦也搶著要給台灣疫苗，覺得哪一國比較好？柯文哲表示「不管是哪一國都要有政府統籌，把疫苗發下來打比較重要」，至於其他口水戰，現在戰況緊急沒心情打口水戰。
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