針對國籍機組員防疫，原先5+9的隔離措施，也就是5天居家檢疫，和9天加強版自主健康管理，被改成3+11，居家檢疫縮短兩天，被認為是防疫破口，疾管署(5/31)拍板政策轉彎，從6月12日後，沒有接種新冠疫苗的長程航班機組員，又要回歸「5+9」模式，加強隔離。
指揮中心發言人莊人祥：「都有機上全程的防護啦，這個我們會提供相關的手套、口罩的部分，是返國後居家檢疫採檢跟自主健康管理的措施。」
疾管署透過文字說明，說部長在28日被要求需要在31日下班前，提出3+11及BNT疫苗取消EUA的報告，而報告中還提到6月12之後，對於沒有接種COVID-19疫苗的機組員，隔離措施加嚴，調整為5加9。
指揮中心發言人莊人祥：「主管機關他已經有督導，外站的一個零接觸的管理，還有整個機組員的管理，都有上了軌道。」
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