太魯閣號事故意外，造成嚴重傷亡，這也讓台鐵改革進度，成為各界矚目的焦點，尤其，在普悠瑪翻車意外後，就已經有提出總體檢計畫，但遲遲沒有具體的進度，現在各界也都把矛頭指向台鐵的營運模式，是不是要走向公司化，以及票價是否也要漲價來解決龐大的財務虧損，而台鐵工會則是提出，建議啟動北高直達列車班次，台北到高雄直達車約3小時，票價訂在843元、早鳥票505元，希望藉此提升競爭力。
推動組織改造，是在太魯閣號事故後，對台鐵的重點改革計畫，但朝向公司化能不能行？還有票價是否也要跟著漲？這些問題浮出檯面，要全面檢討營運方向。
台鐵產業工會秘書長魏豫綾：「其實重點不是討論未來的營運方向要變怎樣，而是說那在這個事件之後，我們學到哪些教訓可以怎麼改革，如果大家認為調漲票價，是可以解決這次事故的話，那我認為大家可以持續做，這個方向的討論，但就工會的角度我們不這麼看。」
台鐵上一次調漲票價是1995年9月，曾經在2007年交通部提報，建議調整票價，卻遇到金融風暴就擱置，至今已經將近26年凍漲，但消費者的物價指數，1995年9月是80.46，如今已經達到102.99，平均物價上漲幅度大約31%。另外從台鐵損益來看，2017年收入有273億8千多萬，但支出就要287億3千萬，虧損13億到了2020年，收入259億6千萬，但支出就高達327億7千多萬，虧損68億元。台鐵目前整體資產總額約為8651億元，負債總額4144億元，其中退休金負債就有643億元，這是否成為壓垮台鐵財務的一大因素？
陽明交大運輸與物流管理學系教授黃台生：「因為政策的因素你票價不調，你那個價差就是應該政府來補，如果談到虧損的時候，你又講說不行虧損這麼多你要想辦法去，那你就又額外的增加他一些事情，所以我們都看到問題，但是我們沒有把問題整合起來，有一個正確解決的一種方案。」
外界也點出，台鐵人事成本高，就是棘手難題，而總統蔡英文喊出要徹底改革，但要從哪裡下手，也是政府要面臨的一大課題。
立委(民)陳亭妃：「公司化跟民營化為什麼一直以來，台鐵一直沒辦法推動一定有他的理由，我們是不是應該先從所謂組織文化的改造，再來就是財務結構的問題，然後再來就是安全。」
立委(國)洪孟楷：「如果說要公司化不是不可以，但是應該請台鐵先把一些基礎設施，全部都建置完畢之後，再來討論組織內部改造的問題。」
台鐵產業工會秘書長魏豫綾：「希望說改革的方向最重要的，還是聽聽一直希望你改革的人，而不是說坐在辦公室的人，訂定這些SOP可以回應立法院，或是回應交通部說我們這些改革的項目，好幾百項都已經完成了。」
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