日本境內又出現變種病毒。東京一名北非歸國者入境後確診，分析病毒後發現感染的是「C36」變種病毒，成為日本首起案例。「C36」至今已在歐美等30幾國出現，含有印度株「L452R」部分特徵，但整體習性尚不清楚。變異病毒增添奧運安全的不確定性，部分奧運贊助商認為，待疫苗更加普及後，可降低社會反對聲音；也有望開放觀眾入場，有利於廣告效果，因此呼籲將賽事延期至9或10月。
東京奧組委會長 橋本聖子(2021.06.03)：「再50天，這座舞台將迎接各位，大會也將進入舉辦期間。」
6月3號奧運倒數50日這天，東京奧組委發佈了頒獎細節，再次暗示東京奧運如期舉辦！但是東京都這位東道主，狀況可不樂觀。
東京防疫小組專家座長 賀來滿夫：「經過判斷懷疑是，國內未曾確認的新變異株『C36』。」
東京一名50多歲男子，5月從北非地區返日，機場檢疫時為陰性，沒想到入境後確診，分析檢查疑似感染了「C36」病毒。「C36」已在歐美等34個國家被發現，而在日本則是首起案例；C36擁有印度株L452R的部分特徵，卻又有所不同，感染性和實際型態等詳細習性仍然未解。
東京防疫小組專家 西田淳志：「宣言延長後人潮仍有增加趨勢，大大提升了疫情反彈可能性。」
東京腹背受敵，街上人潮與日俱增，海外病毒趁隙流入，且不斷發生突變，更兇猛的印度變種病毒虎視眈眈；醫學專家直言，7月時，印度株可能強勢崛起，屆時如遇上奧運，疫情恐怕徹底失控。
日本中央防疫專家小組負責人 尾身茂 (2021.06.03)：「在這樣大流行病期間辦奧運，這是非同小可的。如果要辦，我認為需要準備好強烈的覺悟。」
日本中央防疫專家小組負責人 尾身茂 (2021.06.05)：「國民拚了命在自肅，結果這時候舉辦典禮，整個氣氛有如祭典一般熱鬧，人們會覺得『搞什麼啊』。」
日本中央的防疫小組負責人，一連幾日在質詢會上坦言，強硬舉行奧運可能只會得不償失，逆耳忠言惹得政府不開心。
奧運大臣 丸川珠代：「我們篤信體育的力量一路努力，以完全不同維度的語言給予建議，我的感受是難以溝通。」
厚生勞動大臣 田村憲久：「尾身專家所發表的是個人自主的研究成果，政府也會以這樣的立場看待專家發言。」
專家界與政府如兩條平行線。政府內部透露，奧運由奧組委與各方專家主責，國內防疫工作專家小組不屬於奧運團隊，因此小組專家說再多，也有如馬耳東風。國際奧委會與日本政府一意孤行，使得民間反對聲浪四起，大量流失奧運幕後功臣。
東京奧運義工：「覺得政府沒在尊重我們啊，這樣的話我們放奧運鴿子，也不會覺得有什麼罪惡感。」
奧運爭議發展至今，大約已有多達一萬名義工退出，然而奧組委絲毫不覺惋惜，表示奧運因疫情需縮小規模，倒也樂見義工自行辭去。
東京奧運義工：「我們既沒拿錢，也沒簽訂契約，之後就算少了一半義工也不奇怪。」
奧組委滿不在乎的態度，恐更觸怒其餘義工，導致服務團隊瓦解。而奧組委心裡明白，早就委託人力銀行以匿名方式對外招聘兼職人員。
東京奧運工讀大學生：「因為擔心疫情會擴大，很多人都辭去了大會打工機會。」
除了幕後人手，奧運另一大問題就是選手。原訂該提早入境日本接待城，調整狀況、與地方交流的海外隊伍，不少代表團雖未取消行程，但至今仍給不出接待城鎮確切細節，多個接待城空等、空轉，人力、資金不斷消耗。
東京都世田谷區區長 保坂展人：「美國選手團規模相當大，會來幾人、用什麼方法，目前是還沒最終答案的。」
埼玉縣所澤市奧運推進室長 渡邊純也：「(義大利方)還沒訂出確定時程，這部份讓我們有點為難。」
奧運儼然失去其完整意義，日本媒體民調顯示，近6成民眾認為奧運應當中止。英國金融時報報導，奧運部分贊助商提議，奧運延期至9到10月，因為隨著疫苗接種普及，反對聲音可望減少，也會提高觀眾入場可能，增強廣告效果。
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