日本國土交通省，公布日航撞機意外，關鍵的4分鐘航管通聯紀錄，證實航管並未准許海保機起飛，指揮海保機停在跑道旁等待位置，讓日航先降落，現在要追查的是，為何海保機會提前進入跑道。另外適逢日本新年過後收假，空中交通大亂，國內線至少200航班取消。
日法聯手追查，日航516為何會撞到海保機，日方公布關鍵的4分鐘航管通聯紀錄，證實沒有准許海保機進入跑道。
CNN資深國際特派Will Ripley：「日本國土交通省公布航管通聯譯文，顯示航管跟兩架飛機，之間溝通可能有誤解。」
CNN資深國際特派Will Ripley：「塔台要海保機待在等待位置，准許日航客機降落。」
塔台要海保機在等待位置，海保機卻提前入侵跑道，時間點也是關鍵。
當時若在日航降落的「決定高度」之前，海保機還沒完全轉入跑道，日航駕駛有可能沒看見異狀，若是在「決定高度」之後，海保機才進入跑道，日航就算看到也來不及再重飛。
CNN資深國際特派Will Ripley：「為何日航沒看到海保機，沒有放棄降落，當時晚間能見度佳。」
此外日航客機上確認有14名香港旅客與12名澳洲公民，大陸與澳洲都說願意提供協助。
澳洲總理艾班尼斯：「我們得知日航機上有，12名澳洲公民，全數平安。」
不過事發的羽田機場只剩三條跑道運作，日本國內200航班取消，2萬人受影響。
包括那霸與東京的航班，週三至少取消9班，那霸機場旅客大排長龍，等待退換票或等候補機位，適逢新年過完收假，行程全被意外打亂。
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