台灣西半部的河川長期受到工業、垃圾汙染，導致不少河川出現生態危機，而宜蘭則是有斷流情況，已經有不少縣市開始做河川生態營造，像是新北市新店溪的碧潭堰，透過重建工程，設立魚道，讓洄游魚類可以藉由魚道洄游到上游，以及重建後，毛蟹也再度現蹤，讓生態慢慢恢復生機。
台灣原生香魚在1968年就已滅絕？農委會特生中心表示，即將出版的2016台灣淡水魚紅皮書名錄，把香魚列為「地區性滅絕」等級，目前看到香魚都是1990年代從日本再引進的。
