高雄市長選舉，15日一審判決陳菊當選無效，當時搶先召開記者會的謝系立委管碧玲，認為應該放棄上訴，被解讀為謝系與陳菊所屬的新系角力鬥爭。但謝系大家長謝長廷也支持陳菊再上訴，事後管碧玲澄清是誤會一場，因為他當時沒想到319條款，也就是一旦放棄上訴，就無法再登記補選。
高雄市長當選無效官司，謝系大將管碧玲，第一時間提出放棄上訴的說法，後來和黨內不同調，也和謝系大家長謝長廷步伐不一致。民進黨總統提名人謝長廷：「我們支持陳菊上訴，因為我覺得這個判決，比較不公平。」
這是怎麼回事？時間回到判決出爐當天，管碧玲是這麼說的。民進黨立委管碧玲(96.6.15)：「要去法院裡面求公平論斷，我認為不是正確的途徑，因此我主張不要想要上訴。」
不過根據立法院在319槍擊案後，所修正的選罷法第35條，如果當選人經法院判決當選無效確定，將不能再參加補選，也就是如果陳菊一旦放棄上訴，當選無效官司確定，即使再辦市長補選，陳菊也宣告出局。
要陳菊放棄上訴，引起政治聯想，管碧玲大聲喊冤。管碧玲：「這個法令是在319槍擊案後，國親改掉改成這樣，那改成這樣的事實，絕大多數人都是昨天（16日）才知道，所以當時做那個主張（放棄上訴），我講的很清楚，就是菊姐下來選，而且一定會贏，那時候哀兵一定會贏。」
澄清一切都是誤會，管碧玲說自己現在也尊重黨的意見，支持上訴。
