扁家弊案特偵組即將偵結起訴，但立委邱毅認為，檢察總長陳聰明過度干預起訴書內容，希望檢察官求刑不要太重，目的可能是要報答提拔他的陳水扁；對此，陳聰明表示，至今沒看過起訴書，更不可能干預。
扁辦偵結前，檢察總長陳聰明三不五時踏進特偵組，相較先前偵辦藍綠首長特別費案，幾乎前所未見，立委質疑陳聰明的舉動不單純。
立委邱毅：「有的檢察官是認為，應該要求刑比30年還重，陳聰明有很多意見，好聽叫保守，難聽的話，就是他對於起訴求刑，對檢察官書類撰寫有過度干預。」
面對質疑，陳聰明藉著全台檢察長業務座談會議，一次把話說清楚。檢察總長陳聰明：「對於本案起訴書，到現在我還沒有看過，所以起訴求刑是怎麼樣情形，我根本不瞭解。」
強調連起訴書都沒看過，怎麼下指導棋？那陳聰明每每一待幾個小時，又在做什麼？陳聰明：「依檢察一體原則，縱向的指揮監督，我本來就是要這樣做，假如我不做，那就變成我的失職。」
此外，身為策動辜仲諒返台的統籌人，外界頻頻質疑的條件交換說，到底存不存在？陳聰明：「證人保護法14條的規定，如果他符合這個規定，當然我們檢察官在案件偵辦上，可能可以根據這個來做一個處理，他是不是符合這個條件，應該是以檢察官具體案件，在偵辦時來做決定。」
辜仲諒究竟是不是由被告轉為污點證人？陳聰明雖然不證實，但一句「證人保護法」，已讓人嗅出弦外之音。
