針對總統決定註銷國務機要費的機密等級，前總統陳水扁辦公室發出聲明，強調馬總統的做法既違法也違憲，因為依照國家機密保護法，元首擁有單獨永久的機密核定權限，馬總統要承擔一切的後果跟責任。而民進黨主席蔡英文更是痛批，馬總統的做法令人失望，而且嚴重傷害國家利益。
總統府宣布註銷國務機要費機密等級，前總統陳水扁辦公室早就聽到消息，但第一時間是由扁系子弟兵為陳前總統發聲。民進黨立委高志鵬：「馬為了要搶救民調，所用的殺手鐧，所用的絕招就是打扁，這樣的做法讓我們覺得實在是又好氣又好笑。」
總統府記者會一結束，陳前總統辦公室立刻發出新聞稿，認為馬總統註銷國務機要費，根本就是政治考量，漠視憲法，他不能認同。時任總統陳水扁(95.11.5)：「很多機密外交打死我都不能說，甚至永遠都不能說。」
為了國家外交機密，死都不能說。扁陣營搬出以大法官解釋，表示總統在職權範圍內，有決定不公開的權力。現在註銷後，國家機密公開，馬英九總統是否要承擔洩密，或是觸法的一切的後果與責任？
民進黨主席蔡英文：「一個困頓的政府，在這種關鍵性的問題上面，居然採取政治性的判斷，我們是覺得非常非常的失望，而且這將讓我們國家利益，受到嚴重損害。」
綠營捍衛前任元首，擁有核定機密的絕對性，只是馬總統決定「註銷」，司法調查也將立刻約談陳前總統，扁陣營的反制速度，恐怕趕不上司法單位的調查進度。
