馬總統就職演說，花了不小的篇幅著墨在兩岸關係上頭；馬英九首度回應大陸國家主席胡錦濤，他強調台灣不統、不獨、不武的立場，呼籲兩岸協商回到九二共識的基礎。馬英九說，胡錦濤最近針對兩岸關係的談話，他相當認同，呼籲同屬於中華民族的兩岸和解休兵，共創雙贏！
提到兩岸關係，馬總統開宗明義，先提九二共識。總統馬英九：「我們將以最符合台灣主流民意的不統、不獨、不武的理念，在中華民國憲法的架構下，維持台灣海峽兩岸的現狀。英九要在此重申，我們今後將繼續在九二共識的基礎上，盡早恢復協商，並秉持蕭副總統在4月12日博鰲論壇中，提出來的正視現實、開創未來、擱置爭議、追求雙贏16字箴言，尋求兩岸共同利益的平衡點。」
馬英九刻意把博鰲論壇時，副手蕭萬長提出的16字箴言，擺在演說內容當中；至於兩岸恢復協商的第一步，馬英九直接點名就是包機直航。馬英九：「我們已經做好了協商的準備，希望7月即將開始的週末包機，與大陸觀光客來台，能讓兩岸關係進入一個嶄新的時代。」
馬總統同時首度回應，大陸國家主席胡錦濤。馬英九：「胡錦濤先生最近3次，有關兩岸關係的談話，分別是3月26日與美國布希總統談到九二共識，4月12日在博鰲論壇，提出的4個繼續，以及4月29日主張兩岸要建立互信、擱置爭議、求同存異、共創雙贏，這些觀點都與我方的理念相當一致，誠懇的呼籲兩岸，不論在台灣海峽或國際社會，都應該和解休兵，並在國際組織及活動中相互協助、彼此尊重。」
不只向對岸說之以理，馬英九接著訴諸以情。馬英九：「兩岸人民同屬中華民族，本應各盡所能、齊頭並進，而非惡性競爭、虛耗資源；四川發生大地震，災情十分嚴重，台灣人民不分黨派都表達嚴重的關切，希望救災工作順利，災民安置跟災區重建早日完成。」
短短6分鐘，馬英九針對兩岸的演說內容，字字斟酌；安定民心，也向大陸領導人喊話。
