辯論會下午2時30分開始，從456則由全國公民所提出的影音提問中，選出20則問題，由馬謝2人在辯論會上針對公民影音提問內容，各自申論政策主張，而後公民追問，最後則是候選人間交相詰問。
◎經濟
民眾陳淑玲提問，「如何帶領國民，邁向國民所得2至3萬美金，有何具體時間表？」，雙方提出各自的意見，而當民眾進一步追問，是否有具體政策，或是能夠承諾，一旦沒達到所說的數字，是否願意捐總統4年薪水的一半給聯合勸募，落實照顧弱勢。
馬回答沒問題，然而謝卻反問，馬自己拿薪水捐出，無法真正照顧受薪階級，「最好的方法是，國民黨的黨產拿出來分一分」，追打國民黨黨產問題。
◎農業政策
當嗆扁查理羅朝勳提問農業政策，「提出一個真正好的農業政策，讓農民不會因辛苦種植的農產品，不會賣不出好價錢？」，馬回應「因為目前產銷制度有問題須改善，如果謝所提的政策可行，謝當行政院長為何不做」。
當嗆扁查理追問，為何謝的農業政策如此不明顯，多次電詢無法取得確切資料，謝回應，以後會會改進，因為「沒那麼多錢做廣告」。
◎產業
民眾袁碩成提問，「對澎湖設立賭場的看法？」，馬持贊成的意見，認為離島可列入博弈條款，但前提是中央需有完整的配套，謝則回應，反對「單獨」設立賭場，離島應先致力發展觀光，但若配套得宜則可考慮。
◎環保
民眾潘翰聲提問，「台灣真的加入聯合國，如何面對貿易制裁，以及如何面對高污染產業的擴張？」，馬回應要推動「節能減碳」的計畫，並「大量造林」；謝則說他高雄市長任內，已施行環保政策，未來對高污染產業，則應進行「總量管制」。
民眾潘翰聲追問，是否能夠承諾「在任期內吃素幾天，身體力行減碳？」，2位候選人以大方向政策回應，未正面回答。
◎人口
民眾王淑貞提問，「台灣的生育率低，若沒有外配，恐怕不到1%，對於提高生育率有什麼具體的作法？」，謝以自身廣告「政見我負責，感情他負責」為例，提出育嬰等政策；馬則追究原因在大環境不好，未來領導應給人民希望及好的環境。
民眾王淑貞追問相關政策，謝回答對於弱勢，例如單親、外籍等人，應該創造友善的婚姻制度，馬回應，提供育嬰照顧補助，但問題重點在生育率太低，未來會提完善的政策。
◎性別
鄭智偉提問「在任內，是否能夠推動同志婚姻法？將如何推動？」馬回應「人的性傾向是天生」，以自身台北市長任內，對於同志的態度友善，對同志婚姻保持審慎而尊重的態度，將參考國外作法，去保障人權和推動多元文化；謝提此問題在國內未達到共識，但是是可以討論的，應該「多元共生」。
◎人權
民眾蘇建和提問，「人權立國口號喊很多年，實質進步卻很少，有無具體政策？」，謝以自身經驗開頭，認為須重視人權的專業鑑定和加強法學家的專業素養；馬則感嘆司法人權須改革，應杜絕刑求，不容許類似案例再發生。
◎教育
民眾黃麗華提問「下一代為了升學必須花更多的時間補習，多元入學真的有做到多元嗎？」，對於多元入學已演變成多錢、多考、多補習，馬英九回應要成教育委員會提出辦法因應；謝長廷認為多元入學應該給予肯定，然而技術面必須改進。
民眾黃麗華在現場追問，「多元入學自殺問題，心靈教育如何落實、家長學子都該如何教育」，馬英九認為以自己LONG STAY時期為例，除了經濟面外，台灣民眾普遍重視教育，而生命教育，自殺是把問題留給別人，必須給予真正的幫助；謝長廷則回應自殺問題，必須得看到許多層面，媒體等等都有責任。
◎外交
民眾朱翎嘉提問「如何避免金援外交，並走出外交困境」？馬英九認為受到中共打壓是無實不存在的，8年來政府的「正名立憲」，將中華民國的信用用罄，實際面如何走出，必須靠各種方式包括產業合作等方式實際奔走；
民眾朱翎嘉再問「中共打壓無法避免，究竟該如何走出去」！馬英九認為兩岸應該談，判停止惡鬥，謝長廷認為，兩岸談判的確必須，但必須建立在國內合作的前提下，朝野不能惡鬥。
◎兩岸
民眾陳志人提問「什麼時候會三通？有沒有時間表？」謝長廷，提及閣揆任內已經促進包機直航的可行，並承諾未來當選後，3個月內包機全面直航；馬英九認為兩岸包機直航可以稱為兩岸航線，可以避免國內國外航線問題，並將開闢7座機場因應。
陳志人再問「三通的時間表是？」謝長廷認為三通目前僅剩直航問題要積極處理，但必須建構在國家主權的平等基礎上；馬英九認為班機才是要點，「包機」不能帶貨物，包機也不能訂遠至三月後的航班，所以必須談判，完成航班直航。
◎國家定位
范博淳提問「在這塊土地生長的人到底問自己『我是誰』」？我該怎麼教導小孩他是誰？」，馬英九認為「我是台灣人，也是中華民國國民。」，也會以國家為主體，做對中華民國人民有益的事情；謝長廷認為，我從未猶豫說我是台灣人，馬先生10年前提出他是「新台灣人」，這就是影響國家認同的說法。
范博淳再問「兩位候選人如何教育自己的下一代？」，馬英九回應教育子女生於斯長於斯，過去留學拿外卡最後選擇放棄回台灣服務；謝長廷表示從未逃避，告訴自己的下一代我們就是來自福建，但是活在台灣，就是該為台灣付出打拚。
◎文化
民眾陳紹元提問「一把無情的火燒掉，台灣驕傲-雲門舞集35年來許多寶貴檔案，也燒出政府對藝文政策、藝文補助法規的漠視。請問兩組候選人，未來當選後的具體藝文政策規劃。」謝長廷認為急難補助更是顯示這次事件的重要性，至於藝文文化必須提昇到內需層面；馬英九強調「工程可以使城市變大，但文化可以使城市偉大」，未來將成立文化觀光部，提高文化預算0.36提升至3∼4%，以及高額獎金鼓勵文化產業。
紹元再問「兩位候選人提及文化預算，預算從哪裡來，謝當選能確保藍營不會刪除嗎？馬將文化局提高至文化，如此行政層級提升的浩大工程可行嗎？」謝長廷倆人只差1%相信不會再被刪除；馬英九成立已經在政策白皮書有所說明，至於成立的目的不在分錢，在於鼓勵激發創意，建構一套完整的藝文產業。
◎族群文化
林明治提問「如何帶領原住民文化更上一層樓，以及原鄉部落教育與都市落差如何解決。」馬英九除了提及過去的口誤造成外界的誤會，再度鞠躬表達道歉，也強調必須補助原民的住宅面、就業面；謝長廷認為原民是台灣的主人，必須攜手共進不該建立在補助救援的方式上。
林明治再問「原住民是台灣人？」馬英九回應原民是台灣的主人，保護原民遺產；謝長廷認為只要落實原住民基本法，台灣社會的出入必須得靠原住民。
◎其他
民眾林福來提問「對於過去的貪腐集團，你要如何處置，如果你的家人貪污，你會怎麼做。」謝長廷強調競選時提出「三不一沒有」所以不會有家人貪污的問題，股票付諸信託，特別費也是經過司法檢定坦蕩蕩；馬英九強調中央政務官8年來多人遭到起訴，必須依法辦理，持有股票方面將凍結或付諸信託，並強調自己8年市長任內無任何政務官遭到貪污起訴，但謝先生任內則是多不勝數，家人若涉貪將絕無寬貸。
謝長廷強調，馬英九迴避檢察官特別費調查，甚至提出申請，自己則是坦蕩面對司法調查，馬英九認為倆個政府司法單位已經完全駁回，但首長必須以身作則才是要點。
◎結論
謝長廷談及，政見如菜單，煮不煮的出來在「執行力」，痛批馬英九過去市長任內的政見不兌現，淡水河沒乾淨現在推說是經濟部水利署、圓環整個荒廢，馬先生的投資促進經濟繁榮，代表著投給馬英九1票就是為他的空白支票背書，每個家庭必須負擔40萬！全世界經濟都下修，馬先生的政見是年年成長率6%，根本與世界潮流不符！
馬英九認為，下鄉這些日子深入民眾，知道民間疾苦，這些政見、政策都建構在專家的意見上，絕對有足夠的能力可以圓滿達成，可以讓未來台灣社會不再淪落在口水、種族等議題上，而是為台灣拚經濟！為人民拚經濟。
