2013年1月5日下午，雲林警方接獲民眾報案，指位於斗六北方的「十三里公墓」有多個墳墓被盜，亡者的手骨被扯斷、丟在棺材內，手骨上陪葬的金飾不翼而飛，現場一片凌亂。
林瑞南與同仁獲報後抵達現場，發現墳墓上的洞是正方形，長、寬約20公分，差不多可以伸進去一隻手，這些被盜的墓，除了亡者手腕上陪葬的金手鐲及手指戴的戒指不翼而飛，連脖子上的金項鍊也不放過。
林瑞南還發現，盜墓者把亡者整根手骨扯下來，找到金飾後，就把骨頭丟回墓地，造成很多骨頭散落，甚至還有亡者的骨骸呈半坐姿，疑似因盜墓者硬拉所致。
警方發現，盜墓者把土挖起後，用特殊工具把棺木鑽開，再用鋸子鋸出一個20公分左右的正方形，目的應該是為觀察亡者的狀態，並方便下手，若亡者的遺體未完全腐爛，身上陪葬的金飾就還在。
警方懷疑，盜墓者不碰這些未完全腐爛的遺體，是因為擔心感染屍毒。此外，盜墓者還會將木板放在墳墓旁邊，避免踩空跌倒，手法十分專業。
由於案發地點在農田附近，白天都有農民出入，警方研判，歹徒應該是在三更半夜犯案，由於當地相對偏僻，沿路沒什麼監視器，警方辦案陷入困境。
另一方面，除了十三里公墓被盜，附近的「竹圍里公墓」也有10多個墓被盜，因修一個墓要數萬元，且金飾被盜損失慘重，消息曝光後輿論譁然，警方的壓力大增，為了破案，一度守株待兔，把偵防車停在公墓內埋伏，但始終沒發現盜墓者的蹤跡。
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