卡玫基颱風帶來的超大豪雨，在台南造成1死2失蹤的災情；特別是在新營，一名比丘尼就因為大水在半夜突然淹進寺廟，來不及逃生，慘遭滅頂之禍；當地居民紛紛把矛頭指向高鐵，說是他們先前施工，沒有確切回填惹的禍。
就是高鐵路線附近的這一道堤防缺口，讓台南縣新營變成一片汪洋；一名在急水溪畔關帝廟修行的比丘尼，也因此受困廟中不幸滅頂。
當地居民說，大水在半夜裡突然來襲，讓他們只能驚慌逃命。民眾：「水從那邊沖過來，一下子而已，水好多。」
雖然颱風雨勢趨緩，新營的淹水狀況也慢慢解除，不過附近居民說，地下室依舊浸在水裡，情況真的只有用「慘」這個字來形容。民眾：「都是爛泥巴，都是爛泥巴，下雨還稍微好一點，這邊全是爛泥巴，從地下室沖上來的，也都是爛泥巴。」
這次的豪雨之所以造成如此嚴重的淹水災情，當地民眾直指是高鐵惹的禍；因為高鐵興建時曾經挖開堤防，而在施工結束後又沒有確實回填，才會在這次造成長25公尺、高0.5公尺左右的潰堤，而他們也猜測，這正是造成新營大淹水的元兇。
