從五月中開始，台灣本土疫情大爆發，各界認為，華航諾富特案、機組員檢疫放寬為「3＋11」，是兩大防疫破口。中央流行疫情指揮中心決定再次重新調整，針對尚未接種疫苗、接種1劑疫苗未滿2週者，從12日起採「5+9」措施，也就是5天居家檢疫加上9天加強版自主健康管理，而從7月1日起則是變成「7+7」檢疫。對此，台北市長柯文哲表示，機組員打疫苗的狀況都不一樣，確實應該要有調整，還是要用「科學」辦法解決，只能說過去「3＋11」在醫學上絕對是錯的。
對於此做法，有媒體問題柯文哲是否認為，更改檢疫措施「中央認錯」？柯文哲表示，當初沒有疫苗的時候，從入境檢疫14天，變成「7+7」、「5+9」、「3+11」，這個絕對在醫學上是錯的，不過如果把所有的機組人員，都有完整的接種兩劑疫苗，第2劑也超過14天，這時候才要7+7反而是有問題，柯文哲認為還是看過會議記錄，或是科學上有哪些醫療專家說7+7，這還是要問清楚，一切用醫學、科學的標準來處理，所以以前3+11是一定不對。
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