如何處理凱達格蘭大道上的抗議群眾，中央與地方，在深夜又有一番角力，先是余政憲行文給馬英九，請台北市政府務必限期處理抗議事件，而台北市政府也在一個小時後回函，指稱內政部不是台北市政府的主管機關，雙方從公文往返，到各自開記者會，一來一往，說明立場。
4月3日晚間11點50分，凱達格蘭大道抗議群眾還沒散去，內政部長余政憲發出一只公文，請台北市政府「務必」在凌晨1點處理群眾事件，引發北市府強烈不滿，2個小時內，兩方各自在深夜召開記者會表明立場。
台北市政府發言人吳育昇：「台北市和內政部是平行的，台北市是院轄市行政院所管轄，所以只有行政院長有權直接對台北市下達命令，所以余部長這份緊急的傳真的命令是一個程序違法的命令，所以我個人非常遺憾，余部長已經擔任內政部長一段時間了，到現在還沒搞清楚他不是台北市政府的上級機關。」
內政部長余政憲：「我們只是先行來通知，做一個內政部對台北市政府的行政指導，基於我們內政部是一個治安主管機關，基於集會遊行法的一個業務監督立場，我們先行來通知，當然我們希望訂定一個期限，如果中央要代行，會由行政院依法來代行這個法令，我都非常了解。」
有沒有誠意處理抗議事件，也成為內政部及台北市政府，爭執焦點。
台北市政府發言人吳育昇：「12點到12點40分之間，馬市長非常急，他親自打了3次電話想向游院長親自來報告 ，目前的情況，可是我們非常遺憾的是，游院長3次都沒有辦法讓市長可以在電話上和他通得上話。」
內政部長余政憲：「晚上8點多院長就有來電指示打電話給我，也打電話給警政署張署長，就請張署長分別跟馬市長及台北市警察局王局長來聯繫，要求依法來執行，如果有困難，中央就要依法來執行。」
警方與抗議民眾在街頭的角力還沒落幕前，內政部與台北市政府已經開始在處理方式上鬥智。
