聯電遭大舉搜索，業界傳出陰謀論，認為可能是因為和艦即將上市，加上聯電董事長曹興誠色彩不夠綠，檢調才會找上門；對此，行政院趕緊澄清，強調檢方獨立辦案，絕無政治立場的考量，只是一旦查有屬實，經濟部一次最高可罰聯電2500萬，連續處罰直到改正為止。
檢調大動作搜索聯電，震撼科技界，對業界傳出政治力介入的說法，行政院趕緊自清。行政院發言人卓榮泰：「檢調這次搜索的動作，社會各界應給予尊重，在檢調單位獨立作業的情況下，沒有任何的力量介入，我們事先也都不知道。」
記者：「有人提到曹興誠先生本人色彩不夠綠，所以檢調在這個時候來查，是這樣子的動作嗎？他們也反問，為什麼台積電不需要受到同樣的對待？」
行政院發言人卓榮泰：「總統也說過，希望大家也知道，以後不要有藍綠，只要對人民，所以什麼樣的色彩，看行政院的態度，秉持總統這樣的指示，事實上我們沒有這樣的，對任何事情做這樣的考量過。」
行政院再三強調尊重檢方獨立辦案，不過一旦查出聯電確有將台灣資金技術和人才移到大陸，經濟部將不手軟，依法最高一次可罰2500萬，連續處罰直到改正為止。經濟部長何美玥：「台灣的投資人資金過去，事實上他沒有經過核准，就可以按照兩岸關係條例去處份。」記者：「最高可以罰多少？」經濟部長何美玥：「好像是2500萬吧！」
事實上，檢調直接突擊聯電，早已有案可循；數年前，以曹興誠最欽佩的歷史鄭和鑑隊為名，在蘇州成立半導體公司，早就因為負責人及高階主管主要來自台灣聯電，鬧得沸沸揚揚，前聯電協理徐建華更因為出任和鑑副廠長，遭投審會處罰200萬，如今面臨檢調直接上門，就算霸氣如曹興誠，恐怕也得對掌握到的證據低頭。
