前民進黨主席林義雄喊話要求政府對國大職權行使法提覆議，府院研議後，認定國大職權行使法並不是由行政院提出，跟行政院的業務也沒有關係，因此不打算提覆議。不過，對於總統要以加註意見的方式表達立場，民進黨內也有立委認為這是滑天下大稽，非常可笑。
一夜研議，行政院對國大職權行使法是否提覆議，有了決定。行政院長謝長廷：「這個不是行政院的業務，行政院說滯礙難行提出來，這個在理論上，大家認為並不妥，第二個就是，時間沒有辦法。」
強調沒有提出覆議的正當性，不過對於民進黨前主席林義雄的苦口婆心，行政院不敢當耳邊風，特地表達謝意。行政院發言人卓榮泰：「我們要感謝，包括林義雄前主席在內，多位的憲法專家學者，法學專家，這在未來我國的憲政史上，都將留下非常重要的一頁。」
覆議不提了，但總統還是會在公告時加註意見，這樣的舉動，讓自己立委很感冒。民進黨立委郭正亮：「並不是說總統眉批，提供意見，這在憲政運作上讓人覺得很滑稽啦！就是這樣。」
民進黨立委林濁水：「陳總統的意思好像說，他真正冒著罷免的風險，其實這個風險不存在，總統不必那麼在意。」
即使立委不滿，不過，府方確定將在公告時加註對「四分之三複決修憲案門檻」和「廢票計入總額」兩項意見，只不過文字上該如何精準傳達想法，又不會造成社會反感，目前還在仔細掂量。
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