疫情爆發期間，醫檢師站在第一線，冒險處理病患的PCR篩檢，不過卻有疑似醫檢師在PTT上發文，表示「衛福部醫院吞上千萬醫檢師獎金」，表示「衛福部立台北醫院和基隆醫院，有36位醫檢師被吞了2022年疫情高峰期辛苦執行檢疫的上千萬PCR獎勵金」。對此衛福部政務次長王必勝強調，「當初訂定的後，獎金本來就沒有說全部給醫檢師，都有依規定發放」。中華民國醫檢師公會全聯會秘書長林慶元也說，醫檢師獎金發放多少比例，每個醫院有自己的內規，會根據成本計算或規範有不同。
對此，衛福部政務次長王必勝回應，獎金都是依規定發放，沒有什麼侵吞，都是依照指揮中心規定發放，醫檢師部分，當初在訂定的時候，醫療應變組有訂說有獎金後會給相關人員，沒有說全部給醫檢師，全院的跟業務相關的人滿多的，都會發放下去，我想醫檢師都有如數領到他們該領的部分。如果走法律途徑，就依法辦理看法院怎麼裁示。
而中華民國醫檢師公會全聯會秘書長林慶元指出，因為衛福部獎金下來後都有如實給付到各醫院去，但醫院怎麼給付給醫檢師，每個醫院會根據成本計算或規範有不同。至於發放多少比例，林慶源說「每個醫院有自己的內規。因為當時訂定的獎勵辦法上寫的是三千元獎金中必須給付一千元獎金給予「檢驗人員」，但是每個醫院對於檢驗人員定義都不一樣，有人認為是檢驗科人員，但也有醫院認為有經過路過沾到邊都算，包含護理人員、清潔人員可能都算在內。」林慶元表示，如果有醫檢師走上法律途徑爭取，最後仍然是要看法院如何裁定。
其實醫檢師指控獎金沒領到，過去也曾經發生過，台南市立醫院的醫檢師層集體控訴，同是南部醫檢師，有人領到破百萬，有人領到90萬，自己整天處理3、4百件篩檢報告，卻完全沒領到錢。不過當時院方回覆，不管是在職還是離職，檢驗科人員在疫情間，該拿到的獎金都有發放，對此衛生局也證實，衛福部都已經把PCR採檢獎金發給各醫院。
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