隨著疫情流感化，指揮中心也將在5月1日走入歷史，若算到4月最後一天，指揮中心一共成立1197天，不只如此，新冠病毒也將從第五類降為第四類，除了打疫苗將加收掛號費，如果確診符合資格要領抗病毒藥，或是重症住院隔離費用，依舊維持公費支出。
疫情指揮中心指揮官王必勝：「指揮中心就解編，(跟降類)這兩件事情都是從5/1開始，疾病本身流感化中重症比例或者死亡人數都下降。」
回顧成立的第一天2020年2月21日，疫情監測工作就是三年多不間斷，到4月30日前設立1159天記者會也近上千場，而隨著各國也跟著降級，因此5月開始不只是指揮中心解散，新冠疾病也從原定的第五類改為第四類傳染病，但就算降類如果是輕症具高風險因子者，領取口服抗病毒藥物以及重症者住院隔離費用，維持不變公費支出，至於接種疫苗變成要多收掛號費。
疫情指揮中心指揮官王必勝：「未來會由衛福部主政，會成立一個新冠疫情防治聯繫會報，我們每個月會開一次。」
畢竟新冠並不是完全消失，所以防疫物資還是得準備好，只是解編下跟著調整的還有快篩實名制取消，以及不再有專責病房開設要求，至於理賠也有影響，像是有防疫保險重症申請理賠金，從兩萬變成只能領兩千，而既然認為疫情流感化，是否會重新考慮開放大陸團客來台灣。
疫情指揮中心指揮官王必勝：「還沒有解編之前，到目前為止已經都是由權管單位處理，所以可以去問一下，像陸委會相關決策單位。」
把球拋回陸委會，不過大陸也隨著疫情放寬，4月29日開始，所有前往大陸旅客登機前48小時可以用快篩代替PCR，航空公司也不再查驗登機前檢測證明，跟病毒共存走向後疫情時代，指揮中心的任務也告一段落。
《TVBS》提醒您：
因應新冠肺炎疫情，疾管署持續疫情監測與邊境管制措施，如有疑似症狀，請撥打：1922專線，或 0800-001922。
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