這波本土疫情中不少孩童染疫，除了多名個案引起腦炎外，更出現MIS-C（兒童多系統發炎症候群）個案，引起家長憂心。然而，指揮中心為降低兒童重症、死亡風險率，將5至11歲接種第2劑疫苗縮短至4週，而目前北市府針對兒童疫苗接種規劃成2階段。
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針對北市疫苗接種規劃，蔡炳坤說明，台北市第16期疫苗預約平台將於14、15日開放預約，接種日期為6月20日至6月26日，提供包括BNT、莫德納、高端，以及兒童BNT等疫苗，總共有3萬9853劑疫苗，歡迎民眾預約接種。
至於兒童疫苗部分，蔡炳坤表示，由於中央決議兒童接種第2劑疫苗縮短到4至8週，北市針對兒童第2劑疫苗目前已規劃成2個階段，第一階段將在6月18日、6月25日這兩天於行政區東南西北各挑1所小學，安排5至11歲接種第1劑BNT疫苗、6-11歲接種第1、2劑莫德納疫苗。
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另外，因應7月1日開始放暑假，第二階段時間為6月27日至7月1日，安排國小校園接種第2劑BNT及莫德納疫苗。蔡炳坤補充，北市疫苗預約平台（以診所為主）及合約醫院特別門診，也持續提供兒童疫苗接種服務，歡迎家長使用。
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