台北市政府先前曾表態要調整疫苗施打順序，像是將長照機構員工優先接種，陳時中今（8）日表示「若不按照中央規劃的順序施打，將減配疫苗。」對此，柯文哲回應「科學問題科學解決」，強調北市從沒不遵照中央，若有意見也會跟中央提出。
他也提及前陣子頗具爭議的3+11防疫政策，直言不是不願意提出建議，而是根本不知道3+11這件事情，「其實有問題我都會舉手，因為我是醫療專業，我會看那個有問題，就會反應這個不行。」他強調「目前在疫苗施打順序上，台北市跟中央沒有不同意見。」
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