強震後餘震不斷，許多日本民眾因為考量「我有寵物」、「避難所已經滿了，我進不去」等原因，被迫選擇在車內過夜避難，熊本約有6成避難民眾曾有車中避難經驗，引發健康風險疑慮，引發「經濟艙症候群」。主要是因為長期維持固定姿勢，導致腿部血液循環不良，容易形成血栓，嚴重可能出現呼吸困難或心悸等症狀。
根據日本氣象廳統計資料指出，熊本大地震帶來的強烈餘震，使許多民眾不敢返家，轉而選擇在車內或住家騎樓避難。熊本縣政府的一項調查顯示，在熊本地震的2297名避難者中，有1568人（佔總數的68.3%）回答是「在車內」避難，其中1240人選擇在車裡睡覺，占79.1%。至於原因，有民眾表示「因為餘震不斷，我覺得車裡是最安全的地方」，雖然這種避難方式能確保個人隱私、減少二次災害風險，也能與寵物共同避難，但卻衍生健康問題。
災民震後躲車內 不敢亂動跟開暖氣出現「經濟艙症候群」
熊本地震受災戶一木康回憶，2016年4月16日凌晨1點25分芮氏規模7.3主震後，他們一家從住處逃出，帶著貓咪開車前往附近的中學校操場避難。當晚他們在車上度過了一個難眠的夜晚，裹著毛毯，天氣寒冷，同時避難的中學操場上也有許多人車避難。
一木表示，雖然在車內相對安心，但身體上承受的壓力也不小，包括因為天氣寒冷幾乎很少下車走動，也不敢開暖氣，為了省油只能忍受寒冷。當時他確實出現了經濟艙症候群的狀況，包括小腿的部分嚴重腫脹，相當難受。
車內避難長時間同姿勢血液循環不良 災民靠廣播操活動筋骨
另外，同為熊本地震受災戶的健軍商店街振興組合事務所理事長井川正宏指出，當時因為地震避難所缺乏隱私，選擇讓家中的長輩在車中睡覺避難，由於長時間維持坐姿，導致下肢靜脈血液循環不良，發生經濟艙症候群的現象。不過日本在早上6點半都有一套「廣播操」，是由日本政府設計的一套短時間、不須器材就可以完成的運動，之後他每天帶著長輩跟著廣播體操運動，活動身體，才漸漸改善狀況。
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