受到瑪娃颱風影響，日本的新幹線和南海電鐵機場線等大眾運輸系統2日晚上暫停行駛，旅客只能擠在機場和車站動彈不得。雖然現在部分路段已經恢復行駛，但車票一票難求。不只天氣影響，日本的通勤IC卡「西瓜卡」也宣布停售。
大阪車公司社長大阪大叔：「拼命拼命的客人，一直在跟我們打電話預約，都是台灣旅客香港旅客新加坡旅客，通通都是因為進來班機，沒辦法(通行)電車都停駛。」
市區通往機場的阪神高速灣岸線，過去幾乎不會塞車也全塞爆，原本1小時路程足足多出1倍，當地的接送車公司，接駁旅客到凌晨1、2點才送完。
大阪車公司社長大阪大叔：「結束大概都一兩點鐘左右了，(旅客)本來要起飛後來飛不走，只好到附近的飯店，訂了飯店叫我們送他過去。」
東海道新幹線東京站，也同樣擠滿旅客，站閘外全都在苦等通車，直到隔天部分站點恢復通行，車票也一位難求，東京站售票處人龍，幾乎打車站大廳，全都塞滿，受到瑪娃颱風共伴效應，帶來的劇烈降雨，日本的東海道新幹線，還有JR，往返關西機場路段，以及往奈良和歌山段，和南海電鐵都在2日晚上暫停營運，JR官網上也提醒旅客，到3日還有列車誤點停運，包含關東東北等地區都受到影響，要完全恢復恐怕還花上一段時間。
自由行通勤不只受到天氣影響，用途就像台灣的悠遊卡一卡通的，日本「西瓜卡」，因為受到半導體短缺影響，IC晶片原料難取得，從6日開始暫停販售，但其實買不到的旅客，也不用太緊張。
粉專「傑哥の閒暇人生」版主傑哥：「可以改買Welcome西瓜那也可以買，可是它只有28天使用期限，而且它不會有押金，一般我們西瓜卡有500元押金。」
日本旅遊達人分析，有28天使用效期的，紅西瓜卡還沒停售，短期自由行旅客可以考慮，另外如果是iPhone用戶，可以用手機內建的「錢包」APP，綁定電子版西瓜卡，而像是雄獅旅遊官網，也有販售，另外KKday和Klook，則是可以在台灣買東京領。
達人也建議，若近期有要去日本的旅客，可以先上網購買，再前往日本比較方便。
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