國內疫情持續嚴峻，不少民眾紛紛抱怨一直領不到居家隔離證明，對此，指揮中心資訊組副組長龐一鳴表示，針對確診者自主疫調系統進行更新，只要填寫正確就會轉到自動開立系統做開立，改善後新案可在10小時內就開單，舊案部分則會持續加速處理；另外，5月25日起，數位證明平台也將新增「接觸者隔離證明」申請功能。
有北市家長四月底和讀國小的孩子，一起居家隔離，但至今仍然沒拿到居隔症明書，家長擔心拿不到證明無法申請理賠，因為北市副市長黃珊珊說，5/8起不發居隔書，舊案也不補發，對此指揮中心回應，有困難來找中央，北市則澄清，不發的對象是指新制度的居隔者。
本土新冠肺炎確診數攀升中，不過民眾通報確診後，直到收到居家隔離通知書仍有時間落差，新北市長侯友宜今（9）日表示，民眾可使用健保快易通APP裡面的PCR陽性檢測結果，也就是「數位健康證明」作為請假證明。侯友宜指出，從健保快易通收到PCR陽性通知，到中央系統上傳顯示確診前至少需要3天，但目前系統無法自行發送隔離通知書，目前已經把問題反映給中央。
