軍購問題，果然也是扁馬交鋒的焦點。馬英九拿國防預算比例，逐年下降的數據，質疑陳總統，不是真的重視國防，陳總統反批國民黨杯葛軍購預算40多次，還強調他推動軍購，事實上，是延續國民黨時代的政策。
談到軍購，馬英九不客氣的直接質疑陳總統，並不是真的重視國防。
國民黨主席馬英九：「你從上任到現在，台灣的國防預算一再下降，事實上您也沒那麼重視國防，我們還是支持合理的軍購，但是因為終統的關係，使得黨團產生很大的反彈，他們的選民都要他們不要，在這個時候讓它過，這個我們會再去協商。」
總統陳水扁：「你在我還沒有提出終統或是，廢統之前，已經被拒絕了，被杯葛了超過40次，這49次不是我阿扁提出，終統之後才發生的。」
陳總統直言，是在野黨阻擋，才讓軍購案遲遲沒有辦法排入議程。陳水扁：「連交付委員會來討論，來辯論，都不可以，這一點是不是有點問題，這三大軍購在國民黨執政時期，所提出的需求，多次向美方提出的需求，不是我阿扁擅自做決定，如果今天是我阿扁多事，我自己提出，那今天是我不對。」
馬英九：「只要是合理的，我們國民黨在立法院，都願意討論，但是報告陳總統，我們沒有辦法像你講的說，所有東西我們都照單全收，我想你在當反對黨議員的時候，也不是這個樣子。」
從朝野立委到黨主席跟總統，從立法院吵到總統府，軍購案在扁馬會後，狀況依舊膠著。
