總統興揚之旅才剛落幕，不過就在總統返抵國門的這一刻，外電報導印尼政府不滿陳總統昨晚留宿巴譚島的舉動，因為印尼政府表示，當初只核准專機加油，並未同意從事其他活動，陳總統從過境加油變成過夜，印尼政府表示遺憾 而事實上，包括印尼政府的反應在內，一連串的動作，還是跟對岸的打壓，有直接關係。
就在陳總統的專機離開印尼巴譚島，返回台灣的同時，印尼政府卻傳出，對陳總統一行人昨晚留宿印尼的舉動相當不滿。
印尼政府發出聲明，表示當初同意陳總統過境加油，並且不能做其他活動，但是陳總統不僅過夜，還見了當地議員，印尼外交部連續用了3次「遺憾」的字眼表達立場，還決定徹查到底是誰讓陳總統在印尼過夜。
印尼態度大轉變，外交部沒有評論，不過陳總統自己，在晚宴上的談話，倒是露出端倪。總統陳水扁(2006.05.11)：「中國政府特別召見，我們印尼駐北京的大使，強烈的抗議，我們在這個地方過境、過夜。」
總統出訪團不僅在印尼被盯得緊，甚至在過境利比亞的時候，總統曾私下透露，大陸駐利比亞大使館出動四輛車及大批人馬，試圖強行堵住機場出口，不讓陳總統一行入境，所幸在利比亞人員引導下，才突破大陸的封鎖；而隨行的記者也被操大陸口音的當地人盯哨，走到哪跟到哪渾身不對勁。
總統外交突圍， 屢屢出奇不意，不過對岸也虎視眈眈，有機會破壞時，也絕不手軟。
