下午高檢署召開記者會，說明這次國務機要費起訴內容，包括總統夫人吳淑珍和前總統府副秘書長馬永成，依貪污罪嫌遭到起訴，而總統府機要陳鎮慧則是貪污共犯獲得緩刑，整起國務機要費浮報弊案今天確定偵結。
檢察官認為吳淑珍，和前後任總統府辦公室主任馬永成、林德訓、總統府第三局出納陳鎮慧共同涉有貪污（利用職務上的機會詐取財物）、偽造文書和偽證罪嫌起訴，而前總統府機要室主任曾天賜和杏林製藥負責人李碧君涉有偽證罪嫌，而李碧君另外還涉有不正當方法逃漏稅，兩位被告，檢察官給予緩起訴。
高檢署表示在偵查期間，所偵訊的嫌犯和證人高達276人次，分別在今年8月7日和10月27日曾經二度訊問陳總統，8月27日曾經訊問吳淑珍一次，在偵查中，檢察官詳細查明國務費每一張發票真正消費者，最後認定吳淑珍涉嫌從91年7月間到95年3月間，以他人消費的發票，詐領國務機要費中非機密費1480多萬元。
吳淑珍被以貪污和偽造文書罪嫌起訴，原因在於檢察官認定吳淑珍提出的發票中，2765萬又8千多元的發票，陳總統表示是拿來做秘密外交，不過檢察官發現6件秘密外交中只有2件屬實，也就是這些錢確實有部份是拿去做秘密外交，其餘4件中，有一件是根本不存在的秘密外交，另外3件是確實有外交用途，但不應該把秘密外交拿來用在國務機要費，因此吳淑珍被發現詐取了1480多萬元，檢察官依貪污和偽造文書罪嫌將她起訴。
而前總統府副秘書長馬永成是偽造文書罪嫌起訴，另外林德訓和陳鎮慧罪嫌是偽造文書和偽證，不過檢察官認為他們態度相當配合，因此請求緩刑。
而外貿協會副董事長，同時也是前總統府機要室主任曾天賜也是依照偽造文書和偽證罪嫌緩起訴；李碧君則是違反稅捐法、偽造文書、偽證、違反商業會計法緩起訴。
雖然在起訴內容中沒有具體求刑，但吳淑珍被以共犯罪嫌起訴，在陳水扁總統方面，在高檢署的起訴書中，最後明白指出陳水扁總統涉及貪污和偽造文書，只是礙於憲法保障，有刑事豁免權，因此要等到他2年任期結束，再來做追溯，全案到今天偵查終結。
