國務機要費下午偵結起訴，總統府其實早已掌握訊息，陳總統整天沒排行程，而總統府副秘書長卓榮泰更是罕見在上午，主動向媒體公佈發票核銷國務費的狀況，首度提出有所謂六大秘密外交專案，部分極機密部分，不便向檢方公開，希望檢方不要引起不必要的誤解，但陳總統絕對沒有中飽私囊。
原本計劃要在澎湖走透透的呂副總統，才剛剛到達第2個行程，隨扈緊急遞上紙條，只見副總統臉色一沉，馬上取消所有視察行程，趕回台北！
同一時間，包括行政院長蘇貞昌、民進黨主席游錫堃，府院黨高層中午通通被召進府內，閉門會商。對於下午國務機要費偵結起訴結果，總統似乎早已得知消息！府院黨籠罩一片低氣壓，身為副秘書長的卓榮泰，更在偵結的消息曝光之前，先行向總統府記者滅火！卓榮泰首度對外公佈，93到94年間，總統府以發票核銷國務機要費的使用狀況，他說一共用在6大重大專案上頭！
卓榮泰說，發票核銷國務費，用在公關遊說案最多，有3,500萬，支援民主活動640萬，參予聯合國250萬、東北亞地區專案200萬，至於關懷人權活動則有320萬，拓展國際空間也有1百萬！總統府算一算，這些金額加起來，就有5,930萬元，比1年5千萬的國務機要費還要多！
卓榮泰說的這6個秘密外交專案，沒有包括之前傳過的所謂「南線外交」，而檢方的調查結果卻說這6項秘密外交只有2件是真的，總統府在檢方要公佈起訴結果的前幾個小時，先一步公佈國務費使用明細。
卓榮泰強調，實在是總統府這幾天才將相關資料整理完成，這當中有些因為屬於「極機密」的部分，不便向檢方公開，因此，府方希望檢方了解整個國務機要費使用的輪廓和真正意義，不要因為有「未及說明」的部分，引起誤解，聽起來總統府方面上午初步的說法，對起訴結果，是持無法認同的立場。
