民眾黨主席柯文哲涉京華城弊案，北檢今（26）日依《貪污治罪條例》起訴柯文哲，求刑28年6個月，國民黨方面認為不影響藍白合作主導國會的態勢，不過，隨著台中市府前顧問蔡壁如爭取中央委員，打算參選民眾代理主席，白營內部湧現反蔡勢力，儼然進入「後柯文哲時代」，誰來接棒柯文哲，牽動2026縣市長與2028總統大選兩黨提名與合作。
面對柯文哲司法案件，國民黨務人士指出，藍營只能要求司法公正，沒有其他立場，預料立院藍白合作勢必會繼續進行，尤其從國會改革、三大法案到大法官人事案，幾乎都是傅崐萁、黃國昌兩位黨團總召單向作業，互動不只密切還相當緊密，雖然藍白各有立場，投票立場非完全一致，但大體上仍朝制衡民進黨方向在進行。
藍營人士也認為，「國會歸國會、黨務歸黨務」，未來藍白合作不會受影響，柯文哲先前辭去黨主席，就是在釋出訊號，不想因為個人官司影響到整個民眾黨，且現在藍白在立院代表在野合作，有60%主流民意期待民進黨被制衡，「藍白都不能跟自己支持者做對」，所以藍營並未有要「切割」的想法。
隨著柯文哲被起訴後，黃國昌與民眾黨團主任陳智菡等人仍力挺柯文哲是「唯一黨主席」，但仍傳出部分白營人士想力推黃國昌參選，然而，面對昔日「血滴子」蔡壁如辭去台中市府顧問，有意爭取黨魁大位，民眾黨內鬥態勢也明朗化，誰能登上民眾黨魁寶座，甚至牽動未來藍白合作態勢。
歷經2024總統大選藍白合破局，當時朱立倫和陳智菡、黃珊珊等民眾黨主戰派早已鬧翻，甚至白營內部也傳出，未來與藍營在大型選舉中再無合作空間，因此引發台中市長盧秀燕陣營疑慮，認為若是朱立倫繼續擔任黨魁，2028藍白合作恐再落空，即便立院取得在野多數，仍無重返執政的機會，這也是為何過去一年以來，挺盧陣營多次找上「代理人」爭取國民黨主席，盼能替未來藍白合作鋪路。
近期蔡壁如離開台中市府、宣布參選民眾黨主席，引發白營內部選邊站，分為「挺蔡派」和「非蔡派」，不滿蔡壁如班師回朝的白營人士更說，「只要不是蔡派，都可以討論合作」，凸顯其對立嚴重。
有藍委認為，黃國昌雖然帶領民眾黨在立院與國民黨聯盟，但未來牽涉到2026縣市長選舉、2028總統大選，未必能合作無間，因民眾黨黨團主任陳智菡在黨內勢力仍龐大，且8席立委仍是民眾黨權力核心之一，陳、黃兩人合作關係緊密，若黃國昌未來當選主席，是否會受到陳智菡等人影響，仍充滿未知數。
不過，另名藍委分析，無論黃國昌或蔡壁如擔任黨主席，藍白合作態勢暫且不會有太大改變，且站在國民黨主席朱立倫的角度，可能「看得到台北，看不見台中」，面對黃國昌在立院與國民黨合作表現，對黃的熟悉程度可能遠高於在台中的蔡壁如，對於黃國昌擔任主席同樣樂觀其成。
