農業部自今年3月起實施雞蛋專案進口措施到明年6月，隨雞蛋進口後，原本的囤蛋與猖獗的黑市都消失，但農業部卻成為國民黨、民眾黨等的箭靶，農業部長陳吉仲今（19日）晚8時表示，他會一肩扛起所有責任，決定請辭農業部長。隨後，政院發出新聞稿表示，行政院長陳建仁准辭。
陳吉仲今晚在臉書PO文表示，感謝蔡英文總統一路相挺、感謝歷任行政院院長的全力支持，他才能義無反顧的推動牽掛於心上數十年的農業改革，雖然還有未竟之志，但是近日對於專案進口雞蛋的執行過程，遭到外界不實的抹黑、造謠、指控，而造成社會大眾不應有的恐慌，農業部同仁遭受不應該背負的指責，因此他要一肩扛起責任，讓紛紛擾擾平息，決定請辭農業部長一職。
行政院發言人林子倫說，農業部陳吉仲部長近日多次向陳建仁院長表達歉意，並願負個人責任，今（19）日晚間則再度向陳院長表達堅辭之意。陳部長向陳院長表示，年初為因應禽流感所導致國內雞蛋供給不足狀況，而啟動進口雞蛋專案，該項專案也達到穩定供給、穩定物價、穩定蛋農生計之政策效益；然而，對於社會紛爭難以平息，讓專案進口雞蛋政策效益和目的失焦，他必須擔負起政務官的責任，絕不戀棧、堅定請辭。
林子倫指出，陳院長尊重陳部長的決定，勉予准辭，並於本週四（21日）生效。陳院長並認為，陳部長在過去幾個月積極處置，極力在符合消費者需求、維護蛋農生計、穩定市場價格間取得平衡，要做到面面俱到實屬不易，任務艱鉅且非常辛苦，而實際上，進口雞蛋專案也緩解了國內缺蛋狀況，並獲得穩定蛋價、打擊黑市等政策效益。然而，由於這是國內首次採取規模性進口雞蛋政策，因過往經驗有限，使得在執行層面，有諸如冷鏈規範、調度管理、積極確認流向、社會說明等有不盡周延、多可精進之處，院長請陳部長提出精進措施，作為未來政策之參考；院長並期盼相關政策能夠回歸理性討論。
林子倫並表示，陳院長也特別感念陳部長從農委會副主委至主委，乃至完成改制農業部的一路辛勞。陳部長領導農業部以來，致力於「提高農民所得」及「確保糧食安全」，解決臺灣農業許多長期的結構問題。包含完備了「三保一金」四大農民福利體系，並投入126億建立冷鏈物流體系，提升農產品品質，配合農產品出口的持續成長，降低對單一不穩定市場的依賴；農業部更完成農田水利會改制為公務機關，打破灌區內外差別，擴大服務超過 5.6萬公頃，使農民不再受缺水之苦。
林子倫說，1997年口蹄疫爆發後，臺灣生鮮豬肉無法出口，在陳部長帶領農業部的努力下，2020年臺灣正式成為口蹄疫非疫區，歷時24年的口蹄疫陰影終於獲得解決；緊接而來2018年全球爆發非洲豬瘟，也在陳部長與各部會的合作下，成功防堵；同時，自2015年臺灣漁業遭歐盟黃牌警告，解除黃牌就是蔡英文總統上任後的重要目標，在陳部長多次親自與國際協商並積極推動改善措施，2019年才終於順利解除漁業黃牌，守護臺灣於遠洋漁業數百億產值。
林子倫指出，陳部長為農家子弟出身，除了重視農業永續及在地食材安全，更在乎下一代對土地的理解。在陳部長領導下，農業部完成食農教育立法，並全面推動綠色環境給付、擴大產銷履歷，也協助學校營養午餐全面採用國產可溯源食材近98%，深化臺灣農業永續發展。
林子倫表示，蔡總統所提「新農業政策」，因陳部長的有效執行，已達成提升農家所得的目標，2021年主力農家和專業農家平均每戶所得提高到155萬元及188萬元。相關的政策及福利的落實，也為臺灣農村及農業帶來實質的轉型及升級。
林子倫指出，陳院長已指派農業部政務次長陳駿季暫代部長一職，並要求陳代理部長持續進行社會溝通說明，釐清各界疑慮，同時依照原訂規劃，於本週四行政院院會提出進口雞蛋專案的成效檢討與策進作為報告，行政院也將持續準備完整資料，於本週五向立法院提出專案報告。
此外，林子倫補充說明，財團法人中央畜產會林聰賢董事長亦於今日向陳院長提出辭職，表達因進口雞蛋處理不盡周延，造成社會紛擾，中央畜產會作為政策執行者，本應負起責任。陳院長一併勉予准辭，並同步於本週四生效，後續人事將依照規定，經董事會程序再行派任。
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