陳時中請辭投入選戰後，薛瑞元出任衛福部長、王必勝升衛福部政務次長兼指揮中心指揮官。對於人事任命，王必勝先前的私德缺陷，也被專家認為，如果沒有發生，搞不好部長就是他。另外，指揮中心目前屬一級開設，現階段指揮官權力比衛福部長大，但王必勝身為次長，在部裡的階級又比薛瑞元低，似乎有違行政倫理，前疾管署副署長施文儀認為，這是一種「另類降級」。
自己人怎麼樣都好說話，次長升任部長的薛瑞元，擁有醫師、律師資格，北醫畢業後當過婦產科醫師，曾任雙和醫院副院長、衛生署長，及屏東縣衛生局長行政經歷豐富，而王必勝同樣戰功歷歷，醫福會執行長期間，負責武漢包機、數波本土群聚，也親自前往疫區，擔任前進指揮所指揮官，被外界譽為「拆彈專家」，2人硬要在雞蛋裡挑骨頭，除了薛瑞元被施文儀認為，過於客氣恐在決斷力上較吃虧，北市長柯文哲也覺得，指揮官任命上應有更好人選。
台北市長柯文哲：「賴清德當過行政院長，防疫紓困振興轉型，應該用賴清德來做，如果純粹處理防疫，當然王必勝是可以。」
新光醫院副院長洪子仁：「(王必勝)透過這兩年來，他在指揮中心從頭到尾參與，我想這是讓指揮中心，變動最小情況下一個最佳決策。」
針對外界質疑，指揮中心編組內，有其他部會高層，新指揮官層級未到頂，是否難以號令跨部會，專家們認為，指揮官由院長指定，代表行政院因不成問題，倒是王任賢點出，現在一級開設的指揮中心，由次長擔任是「另類降級」。
施文儀：「衛福部以外的要協調事項，已經開始變少，也象徵著新冠疫情逐漸趨緩，需要協調指揮事情也變少，內行的人看得到，應該是指揮中心對於，疫情未來趨勢一定是看好。」
新冠是否降級，要看新變種臉色和重症、致死率，但離正常生活，已經逐步邁進。
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