為了強化國際貿易競爭力，行政院宣布，台灣已正式申請加入CPTPP，各部會也信心滿滿，表示已做好談判前的充足準備，不過由於動作實在太慢，甚至還被大陸超車，被外媒《金融時報》吐槽，台灣的機會之窗已經慢慢關閉。專家擔心，如果我方要開放市場，必須先降低農產品和汽車關稅，並允許日本福島五縣食品進口，尤其年底還有反萊豬公投，屆時勢必引發社會強烈反彈。
行政院政務委員鄧振中：「如果中國先入會，台灣的入會案當然會有相當的風險。」
最怕中國大陸搶先加入、封殺台灣，現在得跟時間賽跑。從時程來看，正式書面申請後，台灣將與11個成員國，處理各自關切的貿易問題，被稱之為入場券談判，談成了才能組成談判工作小組，進入正式磋商。而我方首要難題，就是日本福島五縣的食品，能不能賣到台灣。
反核食團體(2016.11.18)：「日本核食(日本核食)，英文先食(英文先食)。」
馬政府時代就曾經想開放福島食品，民進黨強烈反對，如今角色對調，反核食公投2年效期也已經屆滿，如何取得共識，將是蔡政府首要考驗。
中經院台灣WTO中心資深副執行長李淳：「我們可以用一個叫做急事緩辦的原則，日本的問題也許不急著第一階段處理，可能先處理澳洲加拿大越南這些，相對比較好處理的你有一些正面的基礎，與此同時告訴日本，我會在比較後面的階段來處理，但是我有誠意要處理。」
除了核食備受爭議，站在海嘯第一排的農產品和汽車產業，也要有心理準備。
農委會主委陳吉仲：「以日本跟越南為例，他們零關稅的期程可以有16年至21年不等，這第一個所以我們有這段期間，可以來做產業結構調整。」
國發會主委龔明鑫：「如果沒有加入的話，包括石化塑膠橡膠鋼鐵金屬化學跟建材，那因為它要面臨比較高的，不一樣的這個關稅障礙，所以整體的產值跟出口會比較受到影響。」
產業之間必須有所取捨，因為如果沒加入CPTPP，台灣將面臨產業出走的衝擊，尤其對岸摩拳擦掌，這場仗可不能輸。
台經院研究員邱達生：「除了中國他比較容易建立這個內部共識，那另外的話他這個市場很多國家都想要，特別是他現在在進行所謂的雙循環改革，要拉抬內需那這一塊的話，應該對既有的CPTPP成員的話，應該是很有吸引力的。」
專家分析，台灣慢了好幾拍，機會之窗已逐漸關閉，不過今年CPTPP輪值主席國還是日本，若能善用台日友好，儘速消弭國內歧見，或許還能逆轉勝。
中經院台灣WTO中心資深副執行長李淳：「中國的關稅普遍還是很高，譬如說台灣最關鍵的自行車工具機，(大陸)他的關稅都10%以上鋼鐵化學都一樣，簡單說(大陸)他要發展的戰略產業，關稅都還很高，第二個CPTPP的數位貿易規則，要求說要開放消費者選擇的自由，APP選擇自由，那他現在這種封鎖很多網站的作法，就不能再繼續數據要允許自由移動，國營事業要公開透明，這一些都跟他目前體制有蠻大落差。」
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