台北市長柯文哲前一天為了疫苗分配，怒轟中央和高雄市府是「內線交易」，讓指揮中心連夜反擊說早就已經說明，暗指是北市沒準備好，今天市府則澄清，說從頭到尾指揮中心只講要發但沒提過數字！
台北市長柯文哲(6.12)：「柯股票市場內線交易是很嚴重的罪名，但是就不曉得說在政治的場域，內線交易要算甚麼罪名。」
就是這番言論，讓指揮中心連夜反擊。
說疫苗早在6/9日新聞稿中，就已經說明預計12日分階段陸續配送，而數量是依照第一至三類未接種人數的六成，長照機構75歲以上長者等標準去分配，實際找出9日的新聞稿，確實有說明配送日期以及開放接種對象，但沒有提到到底哪個地方會拿到多少。
北市府發言人陳智菡：「台北市政府在6/11下午四點多，也就是我們看到新聞說，中央要把疫苗發出來的前一個小時左右，才收到一封e-mail，原本陳時中部長還在告訴大家，台北市第一類到第三類，未施打的人口數是4萬多人，但怎麼計算出來就變2.多萬了。」
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