新任交通部長王國材宣示啟動台鐵改革，透過財務改善和組織調整，希望逐步朝公司化邁進。不過《天下雜誌》透過管道、獨家取得18年前的行政院機密公文，發現當時的行政院早已有條件同意台鐵進行公司化改革，不過由於內閣改組頻繁、人走茶涼，歷經13任行政院長和8任交通部長後，台鐵改革計畫最後仍被束之高閣，從此無人聞問。
不滿政府推動公司化、民營化，缺乏明確溝通，2003年9月11日，台鐵工會集結凱達格蘭大道，決議在隔年春節，啟動為期7天大罷工。台鐵工會訴求，公司化不是不可以，但前提是政府得承接台鐵債務和退撫金，全額補貼偏遠路線虧損，以及由政府負擔鐵路基礎建設和車輛採購等等。《天下雜誌》獨家取得被列為機密的公文，發現當年的前行政院長游錫堃，早已同意台鐵有條件公司化，結果仍不了了之。
《天下雜誌》副總編輯陳一姍：「這份機密公文之所以重要是因為，交通部跟台鐵局的員工協商之後，事實上是報到當時的行政院長游錫堃，那游錫堃是同意去做的，也就是說公司化的步驟是，其實是有步驟的，這個步驟在18年前大家都知道，也大家都認同。」
《天下雜誌》副總編輯陳一姍：「採訪另外一個學者，他參與台鐵的改革已經20年，他其實真的很憤怒是說，他覺得20年來，從你看18年前可能，台鐵的工會都曾經願意參與這個改革，到後來其實是愈來愈流於這種，文書的書信往來，所以這次如果再不改革，其實這個機會是稍縱即逝的。」
桃園國際機場前總經理林祥生：「你要讓運價合理化，台鐵提供服務，應該反映的合理成本，那如果你認為運價太高了，不是一般乘客能夠負擔得起的，對不起，你把運價跟票價中間的價差，編列預算來補貼，對內呢，你要馬上提高員工的薪資，讓薪資本身合理化，具有競爭力。」
太魯閣事故後，王國材升任交通部長，改革台鐵第一步，是在100天內改善184處鐵路工地，同時調整組織及財務管理。有專家學者在台鐵改革公聽會疾呼，台鐵目前的鐵路立體化工程會導致財務負擔加劇，必須儘速喊卡，總計3516億經費，應改作台鐵組織重建基金。
桃園國際機場前總經理林祥生：「我認為副業跟資產開發是最可以考慮，用公民合一的方式，讓它走向民營化，讓民間的經驗跟人才可以幫我們賺更多錢，而去回補那個4千多億的負債，其實台鐵公司化不是不可行，但是要循序漸進，先把腫瘤切掉，運價薪資合理化，(推動)企業化經營的五大項，然後再從車路分離，慢慢走向所謂的公司化。」
陽明交通大學運研所助理教授林雪花：「要落實組織改革真正的目的，應該組成團隊進行決策監督管理經營，不要以高層職位為政治酬庸，真正的尊重公司治理，否則不但沒有辦法達成這個改革的目標，更會增加亂象。」
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